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- PDB-3gbg: Crystal Structure of ToxT from Vibrio Cholerae O395 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gbg
タイトルCrystal Structure of ToxT from Vibrio Cholerae O395
要素TCP pilus virulence regulatory protein
キーワードtranscription regulator / Cupin / Helix-turn-Helix / AraC family / Activator / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ToxT, HTH1 motif / Jelly Rolls - #810 / ToxT, HTH1 motif superfamily / ToxT, N-terminal cupin-like domain / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. ...ToxT, HTH1 motif / Jelly Rolls - #810 / ToxT, HTH1 motif superfamily / ToxT, N-terminal cupin-like domain / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITOLEIC ACID / TCP pilus virulence regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lowden, M.J. / Kull, F.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of Vibrio cholerae ToxT reveals a mechanism for fatty acid regulation of virulence genes.
著者: Lowden, M.J. / Skorupski, K. / Pellegrini, M. / Chiorazzo, M.G. / Taylor, R.K. / Kull, F.J.
履歴
登録2009年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TCP pilus virulence regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3462
ポリマ－32,0921
非ポリマー2541
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.311, 77.739, 83.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TCP pilus virulence regulatory protein


分子量: 32092.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O395 / 遺伝子: tcpN, toxT, VC0395_A0363 / プラスミド: TXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon Plus RIL / 参照: UniProt: A5F384
#2: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000, 3.6-4.0% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X6A10.9789, 0.9184, 0.9184
シンクロトロンAPS 23-ID-B20.9785
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2008年3月10日Double crystal channel cut, Si(111), 1m long Rh coated toroidal mirror for vertical and horizontal focusing
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2007年12月13日Si(111) Double Crystal Monochrometer. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) channel cut monochromatorMADMx-ray1
2Double crystal cryo-cooled Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.91841
30.97851
反射解像度: 1.9→19.62 Å / Num. all: 20831 / Num. obs: 20831 / % possible obs: 99.8 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5.21 / Rsym value: 0.244 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MAD dataset

解像度: 1.9→19.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1414871.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2051 9.8 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 20831 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.4494 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.68 Å20 Å20 Å2
2--4.13 Å20 Å2
3----8.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2125 0 18 217 2360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.71.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.512.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 334 9.8 %
Rwork0.262 3059 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3pam.parpam.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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