- PDB-3gbf: Phpd with cadmium complexed with hydroethylphosphonate (HEP) -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3gbf
タイトル
Phpd with cadmium complexed with hydroethylphosphonate (HEP)
要素
PhpD
キーワード
BIOSYNTHETIC PROTEIN / Antibiotic biosynthesis / Iron dependent oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報
2-hydroxyethylphosphonate dioxygenase / organic phosphonate biosynthetic process / phosphinothricin biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / antibiotic biosynthetic process / ferrous iron binding / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能
解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 2916 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 92.5
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
HKL-2000
データ収集
SHARP
位相決定
REFMAC
5.2.0019
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 4.168 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.25722
1587
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.21172
-
-
-
obs
0.21398
29741
99.16 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK