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- PDB-3gar: A PH-DEPENDENT STABLIZATION OF AN ACTIVE SITE LOOP OBSERVED FROM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gar
タイトルA PH-DEPENDENT STABLIZATION OF AN ACTIVE SITE LOOP OBSERVED FROM LOW AND HIGH PH CRYSTAL STRUCTURES OF MUTANT MONOMERIC GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE
要素GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE
キーワードPURINE BIOSYNTHESIS / FOLATE COFACTORS / LOOP FLEXIBILITY / MONOMER-DIMER ASSOCIATION / ENZYME MECHANISM / ANTI-CANCER AGENTS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / DNA damage response / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylglycinamide formyltransferase / Formyl transferase, N-terminal domain / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site. / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Su, Y. / Yamashita, M.M. / Greasley, S.E. / Mullen, C.A. / Shim, J.H. / Jennings, P.A. / Benkovic, S.J. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: A pH-dependent stabilization of an active site loop observed from low and high pH crystal structures of mutant monomeric glycinamide ribonucleotide transformylase at 1.8 to 1.9 A.
著者: Su, Y. / Yamashita, M.M. / Greasley, S.E. / Mullen, C.A. / Shim, J.H. / Jennings, P.A. / Benkovic, S.J. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Towards Structure-Based Drug Design: Crystal Structure of a Multisubstrate Adduct Complex of Glycinamide Ribonucleotide Transformylase at 1.96 A Resolution
著者: Klein, C. / Chen, P. / Arevalo, J.H. / Stura, E.A. / Marolewski, A. / Warren, M.S. / Benkovic, S.J. / Wilson, I.A.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Structures of Apo and Complexed Escherichia Coli Glycinamide Ribonucleotide Transformylase
著者: Almassy, R.J. / Janson, C.A. / Kan, C.C. / Hostomska, Z.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of Glycinamide Ribonucleotide Transformylase from Escherichia Coli at 3.0 A Resolution. A Target Enzyme for Chemotherapy
著者: Chen, P. / Schulze-Gahmen, U. / Stura, E.A. / Inglese, J. / Johnson, D.L. / Marolewski, A. / Benkovic, S.J. / Wilson, I.A.
履歴
登録1998年5月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3032
ポリマ－23,2081
非ポリマー951
水2,666148
1
A: GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE
ヘテロ分子

A: GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6064
ポリマ－46,4162
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_766-x+2,-x+y+1,-z+5/31
単位格子
Length a, b, c (Å)50.400, 50.400, 275.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE / GARTFASE


分子量: 23208.217 Da / 分子数: 1 / 変異: E70A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08179, phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 7.5
詳細: CRYSTAL GREW FROM A SOLUTION OF 2%(V/V) PEG 400. 2.0M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, PH 7.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 22 R.T. / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
22 %(v/v)PEG4001reservoir
32.0 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Msodium HEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 16340 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 81.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 67156
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GAR

1gar


解像度: 1.9→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.0002 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1484 10.2 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 14555 92.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13 Å20 Å20 Å2
2--13 Å20 Å2
3---19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1619 0 0 148 1767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 139 12.9 %
Rwork0.284 1074 -
obs--63 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PO4.PARPO4.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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