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- PDB-3gan: Crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At3g2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gan
タイトルCrystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At3g22680 with bound suramin
要素Uncharacterized protein At3g22680
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / suramin / Structural Genomics Functional Follow-Up Study / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase V complex / gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / siRNA processing / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
RDM1 protein domain / Protein RDM1, plant / RDM1 superfamily / RNA-directed DNA methylation 1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SVR / Protein RDM1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of gene product from Arabidopsis thaliana At3g22680 with bound suramin
著者: Burgie, E.S. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2009年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein At3g22680
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8684
ポリマ－18,2381
非ポリマー2,6303
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Uncharacterized protein At3g22680
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein At3g22680
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7358
ポリマ－36,4752
非ポリマー5,2606
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area2100 Å2
ΔGint-14.9 kcal/mol
Surface area12720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.381, 58.381, 90.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein At3g22680


分子量: 18237.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: cv. Columbia
遺伝子: At3g22680, At3g22680.1, MWI23.5, Q9LUJ3, Y3268_ARATH
プラスミド: PVP13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9LUJ3
#2: 化合物 ChemComp-SVR / 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID / SURAMIN / スラミン


分子量: 1297.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H40N6O23S6 / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (10 mg/ml MSE Protein, 0.10 M NaCl, 0.0003 M TCEP, 0.010 M Suramin sodium salt, 0.01 M Hepes pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (1.1 M Sodium chloride, 1% ...詳細: Protein solution (10 mg/ml MSE Protein, 0.10 M NaCl, 0.0003 M TCEP, 0.010 M Suramin sodium salt, 0.01 M Hepes pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (1.1 M Sodium chloride, 1% DMSO, 0.10 M BTP pH 7.0). Cryoprotected with 20% Ethylene glycol, 1.8 M Sodium chloride, 1% DMSO, 0.10 M BTP pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 12503 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.371 / Net I/σ(I): 19.77
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.076.20.4582.46911991.04798.7
2.07-2.157.10.34112391.113100
2.15-2.257.30.26812151.175100
2.25-2.377.30.20912241.036100
2.37-2.527.30.15412671.19100
2.52-2.717.30.13212161.244100
2.71-2.997.30.10612511.312100
2.99-3.427.30.0812661.509100
3.42-4.317.20.06912671.626100
4.31-506.70.06313592.38199.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.458 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.513
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å44.11 Å
Translation3 Å44.11 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 12461
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.09-10030.80.554504
4.77-6.0934.70.847508
4.13-4.7725.40.912510
3.74-4.1330.60.91507
3.46-3.7431.20.884505
3.24-3.4631.30.889516
3.08-3.2433.80.885506
2.94-3.08360.851509
2.82-2.9435.20.882525
2.72-2.8239.30.882505
2.63-2.7237.80.862525
2.55-2.6334.90.855519
2.48-2.5534.80.882522
2.42-2.4836.30.876508
2.36-2.4236.50.873544
2.31-2.3638.40.878524
2.26-2.3136.10.891553
2.21-2.2635.40.879559
2.16-2.21360.886573
2.12-2.16370.894587
2.08-2.1239.30.885578
2.05-2.0840.70.85629
2-2.0544.50.841745

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
直接法5位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VK5

1vk5


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.257 / WRfactor Rwork: 0.204 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 0 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 598 4.797 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 12465 99.521 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.01 Å2 / Biso mean: 30.716 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.995 Å20.498 Å20 Å2
2--0.995 Å20 Å2
3----1.493 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数956 0 173 57 1186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0211109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3822.0741528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5995113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4122.39146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38115169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.229158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3931.5575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4432942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9223534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3194.5586
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.0520.303380.24183491795.093
2.052-2.1080.217380.19684888899.775
2.108-2.1690.195370.17680684599.763
2.169-2.2360.236500.171801851100
2.236-2.3090.249370.16376180099.75
2.309-2.390.212340.181750784100
2.39-2.480.236370.18470974799.866
2.48-2.5810.266480.1970375299.867
2.581-2.6950.291340.207666700100
2.695-2.8260.268280.219658686100
2.826-2.9790.311300.202612642100
2.979-3.1590.254390.2573612100
3.159-3.3760.223180.19557575100
3.376-3.6450.204240.17518542100
3.645-3.9910.179270.156475502100
3.991-4.4580.209220.146438460100
4.458-5.1410.251220.172382404100
5.141-6.2810.328140.242339353100
6.281-8.8150.169100.231273283100
8.815-500.312110.2716418296.154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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