PDB-3ga8: Structure of the N-terminal domain of the E. coli protein MqsA (Y...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ga8

タイトル

Structure of the N-terminal domain of the E. coli protein MqsA (YgiT/b3021)

要素

HTH-type transcriptional regulator MqsA (YgiT/B3021)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / helix-turn-helix / Zn-binding protein / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Brown, B.L. / Arruda, J.M. / Peti, W. / Page, R.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2009
タイトル: Three dimensional structure of the MqsR:MqsA complex: a novel TA pair comprised of a toxin homologous to RelE and an antitoxin with unique properties.
著者: Brown, B.L. / Grigoriu, S. / Kim, Y. / Arruda, J.M. / Davenport, A. / Wood, T.K. / Peti, W. / Page, R.

履歴

登録	2009年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ga8.cif.gz	30.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ga8.ent.gz	19.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ga8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/3ga8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/3ga8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fmyC 3gn5C 3hi2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lpk-1 1ax7-d 2vvc-4 2nlf-d 1q7i-d 2qsk-d 1bx7-d 2rpv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator MqsA (YgiT/B3021)

ヘテロ分子

9.13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.841, 52.106, 53.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator MqsA (YgiT/B3021) 分子量: 8714.171 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: Escherichia coli str. K12 / 遺伝子: b3021, JW2989, ygiT / プラスミド: RP1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: Q46864
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Tris, 0.2M sodium selenate, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X6A	1	0.9787
シンクロトロン	NSLS	X6A	2	0.9321

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 270	1	CCD	2008年12月4日	Toroidal focusing mirror
ADSC QUANTUM 270	2	CCD	2008年12月4日	Toroidal focusing mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si (111) channel cut monochromator	SAD	M	x-ray	1
2	Si (111) channel cut monochromator	SAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9787	1
2	0.9321	1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 10054 / Num. obs: 9796 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 15.9 Å² / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 21.1

反射シェル

解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6.62 / Num. unique all: 484 / R_sym value: 0.262 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→37.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.589 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18559	467	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1649	-	-	-
all	0.16591	9308	-	-
obs	0.16591	9308	97.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.698 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	511	0	11	97	619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	559
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.283	1.965	757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.826	3.004	948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.111	5	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.498	23.636	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.263	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.827	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	627
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	112
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.238	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.278	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.799	3	376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.443	3	143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.518	5	574
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.761	8	219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.432	11	176
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	30	-
R_work	0.159	661	-
obs	-	-	97.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8126	-3.9548	-1.4812	2.3331	1.1198	3.5477	-0.4135	-0.5929	0.0811	0.2226	0.3761	-0.0539	0.3372	0.3589	0.0375	-0.0204	0.0076	0.0051	0.0025	-0.0262	-0.0212	5.2172	-7.9209	13.3884
2	0.4782	0.4696	0.6406	2.2387	1.0823	6.0813	-0.0325	0.0279	0.0232	-0.1222	0.1279	-0.1729	-0.2977	0.1717	-0.0954	-0.0175	-0.0077	-0.0012	-0.0138	-0.0004	-0.0292	-9.437	-3.6107	-3.9127
3	0.7066	-0.3788	-0.4967	0.7159	0.1296	1.2568	-0.1694	-0.1123	0.1314	-0.106	0.0897	-0.1148	-0.0641	-0.2388	0.0797	0.0081	-0.0059	-0.0066	-0.0459	-0.02	-0.0113	-5.251	-2.6271	6.8939
4	3.295	-0.3971	1.5669	0.0564	-0.1871	0.7455	-0.0303	0.0072	0.0431	-0.0074	0.008	-0.009	0.0134	-0.0858	0.0223	-0.0115	0.0011	0.0167	-0.0045	-0.006	-0.0094	-7.7781	-10.6589	8.819
5	4.4529	1.4205	4.9144	0.8324	2.804	9.4539	-0.0249	0.0595	0.149	-0.3658	-0.0136	0.1654	-0.2008	-0.1662	0.0385	-0.0107	-0.0098	-0.0147	-0.0479	0.005	-0.0055	-16.815	-7.9861	-5.6817

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	40 - 56
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	57 - 67

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