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- PDB-3ga3: Crystal structure of the C-terminal domain of human MDA5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ga3
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of human MDA5
要素Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1, MDA5
キーワードHYDROLASE / Innate immune receptor / RNA biniding / helicase / RLR / Alternative splicing / Antiviral defense / ATP-binding / Cytoplasm / Diabetes mellitus / Host-virus interaction / Immune response / Innate immunity / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway ...MDA-5 signaling pathway / regulation of type III interferon production / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / protein complex oligomerization / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of interferon-alpha production / protein sumoylation / ribonucleoprotein complex binding / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Evasion by RSV of host interferon responses / response to virus / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Ovarian tumor domain proteases / double-stranded RNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / defense response to virus / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / Ub-specific processing proteases / RNA helicase / innate immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain ...RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Death-like domain superfamily / Beta Complex / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Li, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of human MDA5
著者: Li, P. / Li, X. / Lu, C.
履歴
登録2009年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1, MDA5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6542
ポリマ－15,5881
非ポリマー651
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.410, 60.920, 36.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1, MDA5 / Interferon-induced with helicase C domain protein 1 / Helicase with 2 CARD domains / Helicard / ...Interferon-induced with helicase C domain protein 1 / Helicase with 2 CARD domains / Helicard / Melanoma differentiation-associated protein 5 / MDA-5 / RNA helicase-DEAD box protein 116 / Murabutide down-regulated protein


分子量: 15588.222 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 893-1017 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 15 degrees overnight expression / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFIH1, IFIH1 or MDA5, MDA5, RH116 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: Q9BYX4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 14 to 18% ethanol, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic
放射モノクロメーター: osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 21528 / Num. obs: 20278 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 64.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Mean I/σ(I) obs: 45.6 / Num. unique all: 1868 / Rsym value: 0.064 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RIG-I CTD

解像度: 1.45→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: individual B refinement with CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 1590 -Random
Rwork0.18 ---
all0.18 21528 --
obs0.18 20278 7.5 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20 Å20.162 Å2
2---0.913 Å20 Å2
3----0.129 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1091 0 1 204 1296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.56
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.47 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 39 -
Rwork0.222 --
obs-1868 86.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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