PDB-3g88: T. thermophilus 16S rRNA G527 methyltransferase in complex with A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g88

タイトル

T. thermophilus 16S rRNA G527 methyltransferase in complex with AdoMet in space group P61

要素

Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G

キーワード

TRANSFERASE / Methyltransferase / 16S rRNA methyltransferase / translation / Cytoplasm / rRNA processing / S-adenosyl-L-methionine

機能・相同性

機能・相同性情報

16S rRNA (guanine527-N7)-methyltransferase / rRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Demirci, H. / Belardinelli, R. / Gregory, S.T. / Gualerzi, C. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2009
タイトル: Structural and functional studies of the Thermus thermophilus 16S rRNA methyltransferase RsmG
著者: Gregory, S.T. / Demirci, H. / Belardinelli, R. / Monshupanee, T. / Gualerzi, C. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.

履歴

登録	2009年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g88.cif.gz	210.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g88.ent.gz	168.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g88.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g88_validation.pdf.gz	969.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g88_full_validation.pdf.gz	974.6 KB	表示
XML形式データ	3g88_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	3g88_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/3g88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/3g88	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g89C 3g8aC 3g8bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3g8a-2 3g8a-3 3g8a-4 1skf-d 3g8a-1 2yjp-1 3g8a-6 1es5-d 5fit-1 4h5f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G

B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G

ヘテロ分子

54.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.847, 77.847, 167.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Ribosomal RNA small subunit methyltransferase G / 16S rRNA 7-methylguanosine methyltransferase / 16S rRNA m7G methyltransferase / Glucose-inhibited ...16S rRNA 7-methylguanosine methyltransferase / 16S rRNA m7G methyltransferase / Glucose-inhibited division protein B 分子量: 26884.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: gidB, rsmG, TTHA1971 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)Star 参照: UniProt: Q9LCY2, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 8 詳細: 20% (w/v) PEG1000, 100 mM imidazole (pH 8.0) and 200 mM calcium acetate, microbatch technique under oil, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9797
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→25 Å / Num. obs: 47411 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.089
反射シェル	解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化

精密化

解像度: 1.87→24.38 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	2386	5.05 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.171	47224	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.97 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.256 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.256 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.513 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→24.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3666	0	54	734	4454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3831
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.483	5204
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.688	1493
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	597
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	668

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.9082	0.3012	150	0.2449	2575	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9082-1.9497	0.1962	118	0.1917	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9497-1.995	0.2541	142	0.1892	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.995-2.0449	0.2264	141	0.1869	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0449-2.1002	0.2144	151	0.1666	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1002-2.1619	0.1777	151	0.1677	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1619-2.2317	0.1973	147	0.154	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2317-2.3114	0.2144	131	0.1654	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3114-2.4038	0.2071	130	0.1615	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4038-2.5131	0.2008	143	0.1699	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5131-2.6455	0.2101	142	0.1604	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6455-2.811	0.1849	152	0.1679	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.811-3.0277	0.2365	150	0.1752	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0277-3.3317	0.1988	150	0.1693	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3317-3.8122	0.172	145	0.15	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8122-4.7969	0.1521	120	0.139	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7969-24.3821	0.1994	123	0.1781	2670	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7045	-0.3332	0.2703	1.9165	-0.5084	0.6836	0.0197	-0.0459	-0.0767	0.079	0.003	-0.2204	0.0369	-0.0376	-0.0377	0.1687	0.0007	-0.0399	0.1551	-0.0091	0.1816	-9.9987	31.665	13.5554
2	0.2212	-0.1371	0.3188	0.9893	-0.1876	0.392	-0.0757	-0.0443	0.1254	0.1718	-0.0313	-0.305	-0.0672	0.0684	0.0676	0.1546	-0.016	-0.0354	0.1549	-0.0242	0.1816	-10.2161	47.175	13.9323
3	2.4183	-1.094	-0.3243	0.6174	-0.8781	1.4553	-0.4134	-0.1157	0.5738	0.3287	0.2998	-0.1597	-0.2591	0.1101	0.0333	0.2334	-0.0314	-0.0467	0.1576	-0.0282	0.2157	-15.582	55.7411	18.2516
4	0.9065	-0.6391	0.7137	0.6209	0.1091	0.5064	0.0225	-0.0075	0.1671	-0.1446	-0.0634	0.0226	-0.0677	-0.1036	0.0379	0.1803	-0.015	-0.0174	0.1637	-0.0169	0.1753	-24.2238	51.476	7.2553
5	2.0754	0.5638	0.3552	0.9206	-0.299	0.6829	0.0354	0.0504	0.1088	-0.1029	-0.0875	0.1404	-0.0571	-0.1044	0.0439	0.1833	-0.0002	-0.0513	0.1502	-0.0022	0.1399	-29.7168	48.5861	4.8055
6	1.0534	-0.6315	0.3011	0.9541	-0.6903	0.7774	0.0221	0.0808	0.2134	-0.0399	-0.0142	-0.0481	0.0112	-0.0348	-0.0162	0.1726	0.0042	0.0312	0.1652	0.0251	0.1854	-16.6405	43.0084	-20.768
7	0.5159	-0.1473	-0.0879	0.5966	-0.0799	0.0108	0.029	-0.0239	0.1867	-0.0765	0.0123	-0.2865	-0.0705	0.0524	-0.0345	0.1409	-0.0055	0.007	0.1638	-0.0133	0.1783	-5.5933	33.7803	-16.3659
8	0.8136	-0.1965	-0.2312	0.7324	-0.2689	0.3068	0.0627	0.133	0.1599	-0.0861	-0.1221	-0.3247	0.0013	0.2586	0.0668	0.1467	-0.0089	0.0442	0.1921	0.0302	0.1765	-1.124	34.7246	-23.8766
9	0.9703	0.7294	0.4425	0.3589	0.738	0.7072	-0.0158	0.0969	-0.1604	0.0134	-0.0465	-0.0108	0.2443	-0.0333	0.076	0.1873	0.0135	0.0342	0.1938	0.0072	0.2709	1.5877	17.0478	-21.1692
10	1.871	0.0286	-0.2305	2.1001	-0.4574	1.0321	-0.0699	-0.0495	-0.1693	0.0563	0.0373	0.0152	0.1172	-0.0047	0.0364	0.1393	-0.0014	0.0203	0.1565	0.0284	0.1316	-9.9715	19.0858	-12.6449

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESSEQ 4:79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESSEQ 80:132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESSEQ 133:138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESSEQ 139:190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND RESSEQ 191:249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND RESSEQ 4:78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND RESSEQ 79:101
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND RESSEQ 102:137
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND RESSEQ 138:144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND RESSEQ 145:249

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)