PDB-3g7p: Crystal structure of a nifx-associated protein of unknown functio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g7p

タイトル

Crystal structure of a nifx-associated protein of unknown function (afe_1514) from acidithiobacillus ferrooxidans atcc at 2.00 A resolution

要素

Nitrogen fixation protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Duf 269 family protein / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Protein of unknown function DUF269 / Uncharacterised protein family UPF0460 / Protein of unknown function, DUF269 / Putative cytoplasmic protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Chem-PG6 / : / NifX-associated nitrogen fixation protein

機能・相同性情報

生物種

Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of NifX-associated protein of unknown function (YP_002425942.1) from Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g7p.cif.gz	45.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g7p.ent.gz	34.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g7p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g7p_validation.pdf.gz	694.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g7p_full_validation.pdf.gz	694.5 KB	表示
XML形式データ	3g7p_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	3g7p_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/3g7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g7/3g7p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4r9x-1 3sib-1 2e0p-d 3ffv-d 2xni-d 2oin-d 6bmh-2 6rgy-1 4wd4-1 1vj7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 381741

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nitrogen fixation protein

ヘテロ分子

18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nitrogen fixation protein

ヘテロ分子

A: Nitrogen fixation protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.293, 49.293, 254.025
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Nitrogen fixation protein 分子量: 18249.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 (バクテリア) 遺伝子: Lferr_1232, YP_002425942.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: B5ER68, UniProt: B7JA91*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THE CLONED CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 22-363 OF THE FULL LENGTH PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: NANODROP, 0.20M Li2SO4, 30.0% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837, 0.97925

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月8日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97925	1

反射

解像度: 2→28.228 Å / Num. obs: 13459 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 21.436 Å² / R_merge(I) obs: 0.131 / R_sym value: 0.131 / Net I/σ(I): 4.831

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2-2.05	4.5	0.668	1	4343	962	0.668	100
2.05-2.11	4.7	0.56	1.1	4302	916	0.56	100
2.11-2.17	4.6	0.459	1.4	4180	915	0.459	100
2.17-2.24	4.6	0.423	1.6	4091	888	0.423	100
2.24-2.31	4.6	0.368	1.7	3976	856	0.368	100
2.31-2.39	4.5	0.293	2.3	3698	823	0.293	100
2.39-2.48	4.5	0.274	2.4	3731	824	0.274	100
2.48-2.58	4.6	0.216	3.1	3559	780	0.216	100
2.58-2.7	4.6	0.179	3.8	3423	747	0.179	100
2.7-2.83	4.5	0.154	4.2	3268	722	0.154	100
2.83-2.98	4.5	0.152	4.5	3125	689	0.152	100
2.98-3.16	4.4	0.11	6.1	2967	667	0.11	100
3.16-3.38	4.4	0.092	7	2703	611	0.092	100
3.38-3.65	4.4	0.076	8.6	2605	593	0.076	100
3.65-4	4.3	0.068	9.5	2364	547	0.068	100
4-4.47	4.2	0.058	11.2	2214	522	0.058	100
4.47-5.16	4.1	0.054	12.3	1809	444	0.054	100
5.16-6.32	3.9	0.062	10.5	1618	410	0.062	100
6.32-8.94	3.6	0.06	10.1	1192	327	0.06	100
8.94-28.228	3	0.044	10.8	645	216	0.044	97

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→28.228 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.141 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.163
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	659	4.9 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.206	13359	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.62 Å² / B_iso mean: 40.886 Å² / B_iso min: 20.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0.19 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.228 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1156	0	41	105	1302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	877
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.548	2.004	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.89	3	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.246	5	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.113	23.091	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.476	15	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.942	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.3	250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.3	886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.5	596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.5	598
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.5	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.3	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.216	0.3	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.256	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.549	2	779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.231	2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.034	4	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.424	6	555
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.146	8	484

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	48	-
R_work	0.244	910	-
all	-	958	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -7.9983 Å / Origin y: 15.792 Å / Origin z: -9.1465 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2125 Å²	-0.0085 Å²	0.0218 Å²	-	-0.1788 Å²	-0.0364 Å²	-	-	-0.1933 Å²
L	3.9557 °²	-0.4876 °²	2.0958 °²	-	1.1441 °²	-0.4513 °²	-	-	2.8802 °²
S	0.0041 Å °	0.3258 Å °	-0.079 Å °	-0.0864 Å °	-0.0825 Å °	-0.1411 Å °	0.0112 Å °	0.2414 Å °	0.0784 Å °

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