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- PDB-4r9x: Crystal Structure of Putative Copper Homeostasis Protein CutC fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r9x
タイトルCrystal Structure of Putative Copper Homeostasis Protein CutC from Bacillus anthracis
要素Copper homeostasis protein CutC
キーワードMETAL TRANSPORT / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Copper homeostasis (CutC) domain / Copper homeostasis protein CutC / Copper homeostasis (CutC) domain superfamily / CutC family / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / PF03932 family protein CutC / PF03932 family protein CutC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8515 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Makowska-Grzyska, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Putative Copper Homeostasis Protein CutC from Bacillus anthracis
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Makowska-Grzyska, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID
履歴
登録2014年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / diffrn_radiation
Item: _audit_author.name / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper homeostasis protein CutC
B: Copper homeostasis protein CutC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2568
ポリマ－51,8322
非ポリマー4256
水2,954164
1
A: Copper homeostasis protein CutC
ヘテロ分子

B: Copper homeostasis protein CutC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2568
ポリマ－51,8322
非ポリマー4256
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.335, 58.335, 118.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Copper homeostasis protein CutC / Putative copper homeostasis protein CutC


分子量: 25915.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS2885, BA_3100, cutC, GBAA_3100 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 gold / 参照: UniProt: Q81NS5, UniProt: A0A6L8Q3J2*PLUS

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非ポリマー , 5種, 170分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40 %(w/v) PEG300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97905 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 38473 / Num. obs: 38473 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 15.98 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique all: 1990 / Rsym value: 0.642 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1745)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8515→28.329 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1890 5.04 %random
Rwork0.176 ---
all0.177 37508 --
obs0.177 37508 97.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8515→28.329 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 23 164 3645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2184853
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.431372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006626
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8515-1.90150.22751280.20862376250479
1.9015-1.95730.21841510.20422686283791
1.9573-2.02040.25761370.20572828296595
2.0204-2.09250.23841630.20592792295594
2.0925-2.17620.20511380.19562795293394
2.1762-2.2750.22721420.19372761290394
2.275-2.39460.22361340.19042781291594
2.3946-2.54420.2481460.19672795294193
2.5442-2.740.28271540.20652730288493
2.74-3.01440.20331550.19672777293294
3.0144-3.44760.18031430.17422809295294
3.4476-4.33230.16461440.13192723286793
4.3323-17.32040.18111370.14192734287192
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9634-0.23310.80360.88080.20161.46130.1029-0.0576-0.1308-0.06290.02610.2252-0.0717-0.369-0.12360.09070.0271-0.00540.18240.01190.139116.007314.463431.5077
22.6370.32640.0033.8389-1.56397.11540.0615-0.22880.0043-0.0302-0.0632-0.0422-0.1286-0.05280.03920.1560.04160.01040.1584-0.01470.057526.808317.827144.101
31.12350.8147-0.80873.1394-0.33223.1789-0.0608-0.5833-0.24390.5246-0.23810.0978-0.0492-0.04630.22810.19330.03960.04720.33560.06460.168615.971714.247148.8752
41.93520.430.38960.58440.02731.03930.0153-0.5202-0.17480.22060.09130.3148-0.1113-0.6537-0.01260.17020.09190.0660.45140.06180.25569.678815.510748.5553
52.03250.7860.40911.197-0.44860.49440.0212-0.5332-0.10320.30980.07890.4681-0.0317-0.2969-0.04320.14650.07530.05630.59310.1250.4518-1.318113.571643.1078
60.86010.18910.14170.22410.14540.3752-0.0815-0.1895-0.02880.06120.07940.22740.0452-0.2360.0470.09420.0097-0.02450.47330.11620.4377-2.067812.116435.4157
71.5519-1.98880.35133.6953-1.52331.08370.19410.1635-0.4257-0.11820.08410.07270.5524-0.3834-0.27220.236-0.0285-0.11560.2535-0.02790.41510.20484.114422.884
82.9467-0.1725-3.66560.32990.19184.56070.10580.3240.0371-0.13860.00110.4103-0.3464-0.4605-0.09210.16020.0305-0.07330.50850.050.3396-1.513213.927223.7785
91.3192-0.53030.38421.2143-0.61371.35480.10080.0027-0.1962-0.0265-0.03480.00440.32810.3564-0.08070.14260.0617-0.02020.18460.00530.134.590554.769236.1999
102.25880.02152.07730.8019-0.36213.5338-0.00950.1504-0.001-0.0267-0.02320.0043-0.02060.33240.04580.09870.01590.01850.17730.00770.07952.390665.858624.283
111.67120.4984-0.23691.9290.67772.09350.08230.2178-0.2166-0.5653-0.08290.192-0.04420.1662-0.04290.31930.1579-0.0670.2494-0.10830.19823.462353.610818.0758
120.84630.25450.0441.1-0.33510.53450.09460.341-0.3552-0.34890.0315-0.18190.49180.5521-0.11520.3680.1946-0.03640.3698-0.09040.17858.599652.153717.345
131.7798-1.19390.0472.29280.03140.98780.17090.1154-0.2728-0.14550.01840.19840.28260.15030.11320.31280.2379-0.07460.2908-0.10080.27399.11745.898922.617
140.0045-0.0544-0.0270.89290.07420.28360.01190.2405-0.4438-0.15390.01-0.18370.25610.16830.0290.43850.2208-0.06750.3328-0.13520.481613.889440.149121.0637
150.9624-0.9155-0.44930.88020.48030.4907-0.1097-0.0633-0.32710.12230.07180.14660.15490.07230.10870.50020.2635-0.11840.2646-0.08980.562110.556633.712132.8502
161.5284-0.0949-0.27642.14130.26641.25720.0415-0.077-0.41010.2134-0.0261-0.020.31290.1269-0.02780.31420.099-0.08660.1880.00820.31255.967741.990337.4147
173.0688-1.0437-1.33841.9341-0.00862.4217-0.0816-0.4398-0.47510.38690.2087-0.04860.48840.2746-0.10410.43920.1043-0.08610.26620.0530.2717.52941.598544.3407
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 82 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 83 through 100 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 101 through 156 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 157 through 183 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 184 through 202 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 203 through 213 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 214 through 225 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 66 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 67 through 83 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 84 through 100 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 101 through 137 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 138 through 154 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 155 through 176 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 177 through 191 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 192 through 206 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 207 through 225 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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