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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r9x | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Putative Copper Homeostasis Protein CutC from Bacillus anthracis | ||||||
要素 | Copper homeostasis protein CutC | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold / TIM barrel (TIMバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8515 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Zhou, M. / Makowska-Grzyska, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published / 年: 2014 タイトル: Crystal Structure of Putative Copper Homeostasis Protein CutC from Bacillus anthracis 著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Makowska-Grzyska, M. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4r9x.cif.gz | 188.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4r9x.ent.gz | 160.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4r9x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/4r9x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 25915.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS2885, BA_3100, cutC, GBAA_3100 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 gold / 参照: UniProt: Q81NS5, UniProt: A0A6L8Q3J2*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 170分子
#2: 化合物 | ChemComp-PGE / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40 %(w/v) PEG300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97905 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97905 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 38473 / Num. obs: 38473 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 15.98 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 24.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique all: 1990 / Rsym value: 0.642 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8515→28.329 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8515→28.329 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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