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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g7k | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Methylitaconate-delta-isomerase | ||||||
![]() | 3-methylitaconate isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / DapF family fold / closed conformation / open conformation | ||||||
機能・相同性 | ![]() methylitaconate Delta-isomerase / methylitaconate delta-isomerase activity / nicotinate catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Messerschmidt, A. / Macieira, S. / Velarde, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and putative mechanism of 3-methylitaconate-delta-isomerase from Eubacterium barkeri 著者: Velarde, M. / Macieira, S. / Hilberg, M. / Broker, G. / Tu, S.-M. / Golding, B.T. / Pierik, A.J. / Buckel, W. / Messerschmidt, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 268.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 216 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 482.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pw0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41572.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Mii / プラスミド: pALD(EL)2-Kann(blue), pASG3_mii / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q0QLE6, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Protein solution: 150mM Tris/HCl, 150mM NaCl; Reservoir solution: 23% PEG 1500, 18% glycerol anhydrous. 0.001ml protein plus 0.001ml reservoir, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月20日 詳細: LN2 cooled fixed-exit, Si(111) monochromator; Dynamically bendable mirror |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit, Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0707 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 47521 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.434 / % possible all: 95.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2PW0 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 10.989 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.101 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.36 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.298 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.703→2.773 Å / Total num. of bins used: 20
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