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- PDB-3g5s: Crystal structure of Thermus thermophilus TrmFO in complex with g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g5s
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus TrmFO in complex with glutathione
要素Methylenetetrahydrofolate--tRNA-(uracil-5-)-methyltransferase trmFO
キーワードTRANSFERASE / tRNA methyltransferase FAD folate / FAD / Flavoprotein / Methyltransferase / tRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate-tRNA-(uracil54-C5)-methyltransferase [NAD(P)H-oxidizing] / tRNA (uracil(54)-C5)-methyltransferase activity, 5,10-methylenetetrahydrofolate-dependent / tRNA wobble uridine modification / tRNA methylation / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylenetetrahydrofolate--tRNA-(uracil-5-)-methyltransferase TrmFO / MnmG-related, conserved site / Glucose inhibited division protein A family signature 2. / tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme MnmG-related / MnmG, N-terminal domain / Glucose inhibited division protein A / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / GLUTATHIONE / Methylenetetrahydrofolate--tRNA-(uracil-5-)-methyltransferase TrmFO
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Hori, H. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Atomic structure of a folate/FAD-dependent tRNA T54 methyltransferase
著者: Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Yamashita, K. / Iwashita, C. / Hirata, A. / Hori, H. / Nureki, O.
履歴
登録2009年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Non-polymer description
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylenetetrahydrofolate--tRNA-(uracil-5-)-methyltransferase trmFO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0059
ポリマ－49,5781
非ポリマー1,4288
水11,548641
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.257, 92.226, 104.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methylenetetrahydrofolate--tRNA-(uracil-5-)-methyltransferase trmFO / TrmFO / Folate-dependent tRNA (uracil-5-)-methyltransferase / Folate-dependent tRNA(M-5-U54)-methyltransferase


分子量: 49577.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: trmFO, TTHA1442 / プラスミド: pET-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SID2, methylenetetrahydrofolate-tRNA-(uracil54-C5)-methyltransferase [NAD(P)H-oxidizing]

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非ポリマー , 5種, 649分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 13% PEG 3350, 0.1M magnesium chloride, 0.05M Tris-HCl (pH 8.5), 10mM reduced-glutathione, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU10.9
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A20.9793
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年6月7日
ADSC QUANTUM 2102CCD2008年5月30日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.97931
反射解像度: 1.05→43.85 Å / Num. obs: 209948 / Biso Wilson estimate: 11.37 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.05→43.811 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.924 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 14.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1784 19458 5.04 %RANDOM
Rwork0.1622 ---
obs0.163 209897 91.83 %-
all-217119 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.854 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 51.15 Å2 / Biso mean: 18.669 Å2 / Biso min: 8.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.705 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.357 Å20 Å2
3----1.586 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→43.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3287 0 94 641 4022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1794774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014624
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1891331
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.05-1.06190.24894840.2489855365
1.0619-1.07440.24335190.2429961772
1.0744-1.08750.23455410.23031015276
1.0875-1.10130.22216170.21831046579
1.1013-1.11570.20795780.20541105383
1.1157-1.1310.20826180.19921140086
1.131-1.14720.19885140.18971180488
1.1472-1.16430.19736170.1821182089
1.1643-1.18250.19456630.17431214391
1.1825-1.20190.18946150.16861217391
1.2019-1.22260.16866110.16531228092
1.2226-1.24490.16786940.15851235193
1.2449-1.26880.17876650.15231250294
1.2688-1.29470.17136370.14471253094
1.2947-1.32290.15616370.14031262795
1.3229-1.35360.14917200.13131260395
1.3536-1.38750.14197210.13121264595
1.3875-1.4250.15966820.12491280496
1.425-1.46690.13257010.12571288297
1.4669-1.51430.13797150.12141285297
1.5143-1.56840.12756400.12251300498
1.5684-1.63120.14627000.12291300898
1.6312-1.70550.15027520.13051298098
1.7055-1.79540.15766200.13791317598
1.7954-1.90790.16236220.14891316898
1.9079-2.05520.17796890.15141320999
2.0552-2.2620.17747690.160813295100
2.262-2.58920.18597140.172613244100
2.5892-3.2620.18727150.183113313100
3.262-43.84950.19626880.171313316100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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