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- PDB-3g5o: The crystal structure of the toxin-antitoxin complex RelBE2 (Rv28... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g5o
タイトルThe crystal structure of the toxin-antitoxin complex RelBE2 (Rv2865-2866) from Mycobacterium tuberculosis
要素(Uncharacterized protein ...) x 2
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / heterotetramer / 1:1 ratio / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI / TOXIN-ANTITOXIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of growth / toxin sequestering activity / negative regulation of growth / RNA catabolic process / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant - #170 / : / YefM-like domain / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / YefM-like fold / ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / RelE-like / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family ...Arc Repressor Mutant - #170 / : / YefM-like domain / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / YefM-like fold / ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / RelE-like / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Arc Repressor Mutant / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / THIOCYANATE ION / Antitoxin RelF / Toxin RelG
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Miallau, L. / Cascio, D. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Comparative proteomics identifies the cell-associated lethality of M. tuberculosis RelBE-like toxin-antitoxin complexes.
著者: Miallau, L. / Jain, P. / Arbing, M.A. / Cascio, D. / Phan, T. / Ahn, C.J. / Chan, S. / Chernishof, I. / Maxson, M. / Chiang, J. / Jacobs Jr., W.R. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2009年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22022年11月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv2865
B: Uncharacterized protein Rv2866
C: Uncharacterized protein Rv2866
D: Uncharacterized protein Rv2865
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2499
ポリマ－47,8724
非ポリマー3775
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9580 Å2
ΔGint-43.2 kcal/mol
Surface area17330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.540, 79.481, 86.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Uncharacterized protein ... , 2種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Rv2865


分子量: 11859.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv2865 / プラスミド: pET46-Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pRIL / 参照: UniProt: O33347
#2: タンパク質 Uncharacterized protein Rv2866


分子量: 12076.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv2866 / プラスミド: pET46-Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pRIL / 参照: UniProt: O33348

-
非ポリマー , 6種, 178分子

#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% PEG MME 2000, 0.15 M Potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.9793
シンクロトロンALS 8.2.121
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAD dataSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Native dataSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
211
反射解像度: 2→58.42 Å / Num. obs: 32091 / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 4.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXD位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→58.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 3.363 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24553 1661 4.9 %RANDOM
Rwork0.20247 ---
obs0.20453 32091 94.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→58.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2790 0 23 173 2986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.9783935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7765360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.17221.765136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.80515495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2821540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0931.51779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02922886
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.96931119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0474.51043
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 107 -
Rwork0.199 2259 -
obs-2259 90.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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