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- PDB-3g3x: Crystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (T151R1) at 100 K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g3x
タイトルCrystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (T151R1) at 100 K
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / MODIFIED CYSTEINE / NITROXIDE / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / Chem-MTN / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fleissner, M.R. / Cascio, D. / Hubbell, W.L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structural origin of weakly ordered nitroxide motion in spin-labeled proteins.
著者: Fleissner, M.R. / Cascio, D. / Hubbell, W.L.
履歴
登録2009年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2398
ポリマ－18,6301
非ポリマー6097
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.486, 59.486, 95.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 18630.402 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, T151R1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: E, Lysozyme / プラスミド: pHSe5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

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非ポリマー , 5種, 169分子

#2: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
#3: 化合物 ChemComp-HED / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / 2,2′-ジチオビスエタノ-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 2.0M dibasic potassium phosphate and monobasic sodium phospahte, 0.25M sodium choloride, 0.04% sodium azide, 0.02M oxidized beta-mercaptoehtanol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月15日 / 詳細: CONFOCAL MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→80 Å / Num. obs: 18230 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.041 / Χ2: 0.913 / Net I/σ(I): 39.199
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.07 / Num. unique all: 1579 / Rsym value: 0.162 / Χ2: 0.88 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1C6T

1c6t


解像度: 1.8→31.695 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.873 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ml
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 935 5.14 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.186 18612 --
obs0.186 18197 97.77 %-
溶媒の処理Bsol: 49.436 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.42 Å2 / Biso mean: 17.786 Å2 / Biso min: 7.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.455 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.455 Å20 Å2
3----2.909 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1291 0 29 162 1482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9051
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9511
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.1091
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
1.8-1.8170.171397X-RAY DIFFRACTION3577
1.817-1.8350.164421X-RAY DIFFRACTION3581
1.835-1.8540.166447X-RAY DIFFRACTION3586
1.854-1.8740.162457X-RAY DIFFRACTION3586
1.874-1.8950.145455X-RAY DIFFRACTION3588
1.895-1.9160.166483X-RAY DIFFRACTION3591
1.916-1.9390.16459X-RAY DIFFRACTION3590
1.939-1.9620.162483X-RAY DIFFRACTION3594
1.962-1.9870.162504X-RAY DIFFRACTION3592
1.987-2.0130.153464X-RAY DIFFRACTION3593
2.013-2.0410.172520X-RAY DIFFRACTION3594
2.041-2.070.158472X-RAY DIFFRACTION3595
2.07-2.1010.159516X-RAY DIFFRACTION3596
2.101-2.1340.156481X-RAY DIFFRACTION3594
2.134-2.1690.152495X-RAY DIFFRACTION3593
2.169-2.2060.166511X-RAY DIFFRACTION3595
2.206-2.2460.16497X-RAY DIFFRACTION3596
2.246-2.2890.148505X-RAY DIFFRACTION3595
2.289-2.3360.161490X-RAY DIFFRACTION3594
2.336-2.3870.155514X-RAY DIFFRACTION3595
2.387-2.4430.176492X-RAY DIFFRACTION3596
2.443-2.5030.186493X-RAY DIFFRACTION3594
2.503-2.5710.177507X-RAY DIFFRACTION3594
2.571-2.6470.186496X-RAY DIFFRACTION3593
2.647-2.7320.178507X-RAY DIFFRACTION3595
2.732-2.830.213505X-RAY DIFFRACTION3595
2.83-2.9430.206505X-RAY DIFFRACTION3593
2.943-3.0770.201499X-RAY DIFFRACTION3594
3.077-3.2390.19511X-RAY DIFFRACTION3595
3.239-3.4420.167514X-RAY DIFFRACTION3595
3.442-3.7070.161513X-RAY DIFFRACTION3594
3.707-4.0790.154508X-RAY DIFFRACTION3595
4.079-4.6680.16534X-RAY DIFFRACTION3595
4.668-5.8750.178541X-RAY DIFFRACTION3596
5.875-31.70.241566X-RAY DIFFRACTION3594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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