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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g3w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (T151R1) at 291 K | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / MODIFIED CYSTEINE / NITROXIDE / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Fleissner, M.R. / Cascio, D. / Hubbell, W.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural origin of weakly ordered nitroxide motion in spin-labeled proteins. 著者: Fleissner, M.R. / Cascio, D. / Hubbell, W.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 890.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 890.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18630.402 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, T151C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: E, Lysozyme / プラスミド: pHSe5 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 45分子 ![](data/chem/img/MTN.gif)
![](data/chem/img/HED.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/AZI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HED.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/AZI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MTN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-HED / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 化合物 | ChemComp-AZI / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 2.0M dibasic potassium phosphate and monobasic sodium phospahte, 0.25M sodium choloride, 0.04% sodium azide, 0.02M oxidized beta-mercaptoehtanol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月22日 / 詳細: Confocal Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→80 Å / Num. all: 28187 / Num. obs: 9516 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.159 / Χ2: 1.901 / Net I/σ(I): 9.626 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 925 / Rsym value: 0.501 / Χ2: 2.012 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 1C6T 解像度: 2.3→26.265 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.85 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ml
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溶媒の処理 | Bsol: 44.842 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.12 Å2 / Biso mean: 26.405 Å2 / Biso min: 3.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.265 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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