PDB-3g27: Structure of a putative bacteriophage protein from Escherichia co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g27

タイトル

Structure of a putative bacteriophage protein from Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655

要素

82 prophage-derived uncharacterized protein ybcO

キーワード

PROTEIN BINDING / E.coli / prophage-associated / Zinc-binding / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of a putative bacteriophage protein from Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
著者: Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g27.cif.gz	27 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g27.ent.gz	19.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g27_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g27_full_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示
XML形式データ	3g27_validation.xml.gz	5.9 KB	表示
CIF形式データ	3g27_validation.cif.gz	7.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/3g27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/3g27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ie4-2 6ie7-3 2xcj-d 5ezd-2 4yh4-d 6i9o-3 3hi2-2 2hkv-d 1cku-d 1tdv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc7442

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 82 prophage-derived uncharacterized protein ybcO

ヘテロ分子

10.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 82 prophage-derived uncharacterized protein ybcO

ヘテロ分子

A: 82 prophage-derived uncharacterized protein ybcO

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.311, 71.311, 32.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	82 prophage-derived uncharacterized protein ybcO 分子量: 10457.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: predicted prophage protein / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: b0549, JW0537, ybcO / プラスミド: modified p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P68661
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M CaCl2, 20%PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月24日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97921 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 9.9 % / Av σ(I) over netI: 48.64 / 数: 59799 / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.62 / D res high: 2.05 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 6049 / % possible obs: 98.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.05	50	98.2	1	0.057	4.281	9.5
4.01	5.05	99.3	1	0.048	2.745	9.9
3.51	4.01	99.5	1	0.049	1.93	10.9
3.18	3.51	100	1	0.058	1.638	11.1
2.96	3.18	100	1	0.074	1.564	11.1
2.78	2.96	100	1	0.08	1.401	11.4
2.64	2.78	100	1	0.11	1.253	11.3
2.53	2.64	100	1	0.119	1.18	11.2
2.43	2.53	100	1	0.123	1.078	11.1
2.35	2.43	100	1	0.172	1.096	10.3
2.27	2.35	100	1	0.185	1.133	9.6
2.21	2.27	99.7	1	0.181	1.135	8.8
2.15	2.21	99.5	1	0.246	1.083	7.5
2.1	2.15	95.3	1	0.177	1.034	7.7
2.05	2.1	87.7	1	0.226	1.069	6.1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 6049 / Num. obs: 6049 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 37.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 1.616 / Net I/σ(I): 48.638

反射シェル

解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.226 / Num. unique all: 341 / Χ²: 1.069 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2.1→30.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / WR_factor R_free: 0.26 / WR_factor R_work: 0.202 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.873 / SU B: 8.773 / SU ML: 0.12 / SU R Cruickshank DPI: 0.207 / SU R_free: 0.196 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.185
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	260	4.6 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
all	0.188	5697	-	-
obs	0.188	5697	99.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.59 Å² / B_iso mean: 36.079 Å² / B_iso min: 21.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.22 Å²	1.11 Å²	0 Å²
2-	-	2.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	597	0	6	44	647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	621
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.403	1.948	841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.9	3	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.625	5	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.403	22.308	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.821	15	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.801	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	701
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	125
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.795	1.5	407
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.142	1.5	165
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.501	2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.285	3	214
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.804	4.5	192

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	16	-
R_work	0.22	391	-
all	-	407	-
obs	-	-	95.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.4003 Å / Origin y: 28.9214 Å / Origin z: 4.7353 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1704 Å²	0.0615 Å²	0.0533 Å²	-	0.1128 Å²	0.0098 Å²	-	-	0.0275 Å²
L	3.1005 °²	-0.9572 °²	-0.6178 °²	-	4.7295 °²	0.8007 °²	-	-	3.5165 °²
S	-0.1553 Å °	0.1396 Å °	-0.2245 Å °	0.1838 Å °	-0.0502 Å °	0.0898 Å °	0.5656 Å °	0.2408 Å °	0.2055 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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