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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3g12
タイトル
Crystal structure of a putative lactoylglutathione lyase from Bdellovibrio bacteriovorus
要素
Putative lactoylglutathione lyase
キーワード
LYASE / GLYOXALASE / BLEOMYCIN RESISTANCE / PSI-2 / NYSGXRC / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS
モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 8394 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 49.658 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル
解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.5
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
MAR345
CCD
データ収集
SHELXD
位相決定
REFMAC
5.2.0019
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.58→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 12.252 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.862 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.27481
231
2.9 %
RANDOM
Rwork
0.21211
-
-
-
obs
0.21392
7830
99.94 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK