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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g0z | ||||||
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タイトル | Structure of S. pombe Pop2p - Zn2+ and Mn2+ bound form | ||||||
![]() | CCR4-Not complex subunit Caf1 | ||||||
![]() | Hydrolase / Gene Regulation / mRNA turnover / deadenylation / Ccr4-Not / Pop2p / Caf1p / DEDD exonuclease | ||||||
機能・相同性 | ![]() poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / : / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RNA nuclease activity / P-body / manganese ion binding ...poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / : / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RNA nuclease activity / P-body / manganese ion binding / mRNA binding / chromatin binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Andersen, K.R. / Jonstrup, A.T. / Van, L.B. / Brodersen, D.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site 著者: Andersen, K.R. / Jonstrup, A.T. / Van, L.B. / Brodersen, D.E. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37316.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: caf1, SPCC18.06c / プラスミド: pET30 Ek/LIC / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-MN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.793357 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.41354 % / Mosaicity: 0.575 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 18% PEG 3350, 200mM sodium formate, 5mM beta-mercaptoethanol, 7.1mM MgCl2, 0.075mM MnCl2, 0.22mM ZnCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator, water-cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.271 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→47.2 Å / Num. obs: 17779 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 35.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.17 / Net I/σ(I): 22.468 / Num. measured all: 259583 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1398 / Χ2: 1.119 / % possible all: 76.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2P51 解像度: 2.004→47.166 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.812 / SU ML: 0.09 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.744 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.61 Å2 / Biso mean: 41.23 Å2 / Biso min: 22.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.004→47.166 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
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