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- PDB-3g0z: Structure of S. pombe Pop2p - Zn2+ and Mn2+ bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g0z
タイトルStructure of S. pombe Pop2p - Zn2+ and Mn2+ bound form
要素CCR4-Not complex subunit Caf1
キーワードHydrolase / Gene Regulation / mRNA turnover / deadenylation / Ccr4-Not / Pop2p / Caf1p / DEDD exonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA nuclease activity / P-body / manganese ion binding ...poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / CCR4-NOT complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA nuclease activity / P-body / manganese ion binding / mRNA binding / chromatin binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Poly(A) ribonuclease pop2
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.004 Å
データ登録者Andersen, K.R. / Jonstrup, A.T. / Van, L.B. / Brodersen, D.E.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2009
タイトル: The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
著者: Andersen, K.R. / Jonstrup, A.T. / Van, L.B. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2009年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCR4-Not complex subunit Caf1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4373
ポリマ－37,3171
非ポリマー1202
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.733, 53.814, 94.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CCR4-Not complex subunit Caf1 / Caf1p / Pop2p


分子量: 37316.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: caf1, SPCC18.06c / プラスミド: pET30 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta DE3 / 参照: UniProt: O74856
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.793357 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.41354 % / Mosaicity: 0.575 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 18% PEG 3350, 200mM sodium formate, 5mM beta-mercaptoethanol, 7.1mM MgCl2, 0.075mM MnCl2, 0.22mM ZnCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.271 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月20日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator, water-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.2 Å / Num. obs: 17779 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 35.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.17 / Net I/σ(I): 22.468 / Num. measured all: 259583
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1398 / Χ2: 1.119 / % possible all: 76.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.17 Å
Translation2.5 Å47.17 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ProDCデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P51

2p51


解像度: 2.004→47.166 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.812 / SU ML: 0.09 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 563 3.18 %Same Rfree set as used for 1.4 Angstrom structure (2P51)
Rwork0.206 17164 --
obs0.207 17727 95.03 %-
all-17779 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.744 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 88.61 Å2 / Biso mean: 41.23 Å2 / Biso min: 22.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.083 Å2-0 Å20 Å2
2---4.918 Å2-0 Å2
3----0.165 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.004→47.166 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2033 0 2 108 2143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9872822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.522753
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.004-2.2060.2741360.2383746388285
2.206-2.5250.3081380.2224385452398
2.525-3.1810.281390.2174445458499
3.181-47.1790.2161500.1924588473898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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