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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g0k | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a protein of unknown function with a cystatin-like fold (saro_2880) from novosphingobium aromaticivorans dsm at 1.30 A resolution | ||||||
要素 | Putative membrane protein | ||||||
キーワード | Ca-BINDING PROTEIN / Snoal-like polyketide cyclase / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of protein of unknown function with a cystatin-like fold (YP_498150.1) from Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 at 1.30 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3g0k.cif.gz | 76.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3g0k.ent.gz | 59 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3g0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3g0k_validation.pdf.gz | 452 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3g0k_full_validation.pdf.gz | 452.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3g0k_validation.xml.gz | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3g0k_validation.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/3g0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/3g0k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16988.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア) 株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_2880, YP_498150.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q2G4A7 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH THE N-TERMINAL PURIFICATI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: NANODROP, 0.020M CaCl2, 30.0% MPD, 0.1M Acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97821 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月15日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing) プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97821 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.3→26.1 Å / Num. obs: 39549 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 6.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→26.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 1.008 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.035 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. A CALCIUM ION (CA) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTIONS HAS BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE BASED ON ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS AND COORDINATION GEOMETRY. 5. ACETATE (ACT) AND (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTIONS HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.33 Å2 / Biso mean: 17.837 Å2 / Biso min: 4.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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