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- PDB-3fyu: Crystal structure of acetyl xylan esterase from Bacillus pumilus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fyu
タイトルCrystal structure of acetyl xylan esterase from Bacillus pumilus obtained in presence of D-xylose and sodium acetate
要素(Acetyl xylan ...) x 3
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / carbohydrate esterase / CE7 / Bacillus pumilus
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylesterase / polysaccharide metabolic process / acetylesterase activity
類似検索 - 分子機能
Acetyl xylan esterase / Carbohydrate esterase 7 family / Acetyl xylan esterase (AXE1) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / beta-D-xylopyranose / Acetyl xylan esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Krastanova, I. / Cassetta, A. / Lamba, D.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and functional studies of Bacillus pumilus acetyl xylan esterase
著者: Krastanova, I. / Cassetta, A. / Mastihubova, M. / Biely, P. / Lamba, D.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2005
タイトル: Heterologous expression, purification, crystallization, X-ray analysis and phasing of the acetyl xylan esterase from Bacillus pumilus
著者: Krastanova, I. / Guarnaccia, C. / Zahariev, S. / Degrassi, G. / Lamba, D.
#2: ジャーナル: Microbiology / 年: 2000
タイトル: The acetyl xylan esterase of Bacillus pumilus belongs to a family of esterases with broad substrate specificity
著者: Degrassi, G. / Kojic, M. / Ljubijankic, G. / Venturi, V.
#3: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 1998
タイトル: Purification and characterization of an acetyl xylan esterase from Bacillus pumilus
著者: Degrassi, G. / Okeke, B.C. / Bruschi, C.V. / Venturi, V.
履歴
登録2009年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月22日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl xylan esterase
B: Acetyl xylan esterase
C: Acetyl xylan esterase
D: Acetyl xylan esterase
E: Acetyl xylan esterase
F: Acetyl xylan esterase
G: Acetyl xylan esterase
H: Acetyl xylan esterase
I: Acetyl xylan esterase
L: Acetyl xylan esterase
M: Acetyl xylan esterase
N: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)436,43955
ポリマ－433,64212
非ポリマー2,79643
水14,484804
1
A: Acetyl xylan esterase
B: Acetyl xylan esterase
C: Acetyl xylan esterase
D: Acetyl xylan esterase
E: Acetyl xylan esterase
F: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,29729
ポリマ－216,8516
非ポリマー1,44623
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21560 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area61730 Å2
手法PISA
2
G: Acetyl xylan esterase
H: Acetyl xylan esterase
I: Acetyl xylan esterase
L: Acetyl xylan esterase
M: Acetyl xylan esterase
N: Acetyl xylan esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,14126
ポリマ－216,7916
非ポリマー1,35020
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20970 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area62030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.225, 86.622, 183.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Acetyl xylan ... , 3種, 12分子 AIBDHCEFGLMN

#1: タンパク質 Acetyl xylan esterase


分子量: 36156.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 株: PS 213 / 遺伝子: axe / プラスミド: pBPEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9K5F2, acetylesterase
#2: タンパク質 Acetyl xylan esterase


分子量: 36174.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 株: PS 213 / 遺伝子: axe / プラスミド: pBPEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9K5F2, acetylesterase
#3: タンパク質
Acetyl xylan esterase


分子量: 36114.844 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 株: PS 213 / 遺伝子: axe / プラスミド: pBPEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9K5F2, acetylesterase

-
糖 , 1種, 7分子

#4: 糖
ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 840分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6
詳細: 0.3M lithium chloride, 0.2M sodium acetate, 0.2M D-xylose, 5% PEG 6000, 0.05M MES, pH 6.0, microbatch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月15日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→30 Å / Num. all: 106905 / Num. obs: 106905 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 36.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.136
反射 シェル解像度: 2.62→2.72 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 8208 / Χ2: 1.028 / % possible all: 80.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345controlデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3FVT

3fvt


解像度: 2.62→26.88 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 10592 8.5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.196 106893 --
obs0.196 106893 86 %-
溶媒の処理Bsol: 14.674 Å2
原子変位パラメータBiso max: 50.86 Å2 / Biso mean: 19.338 Å2 / Biso min: 5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.644 Å20 Å2-4.255 Å2
2---0.171 Å20 Å2
3----6.474 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→26.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30418 0 160 804 31382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.234
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0031.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7162
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5942.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5lig_m2.parlig_m2.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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