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- PDB-3fys: Crystal Structure of DegV, a fatty acid binding protein from Baci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fys
タイトルCrystal Structure of DegV, a fatty acid binding protein from Bacillus subtilis
要素Protein degV
キーワードFATTY ACID-BINDING PROTEIN / FATTY ACID-BINDING / EDD fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 - #10 / Rossmann fold - #10170 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / PALMITIC ACID / Protein DegV
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nan, J. / Zhou, Y.F. / Yang, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of a fatty acid-binding protein from Bacillus subtilis determined by sulfur-SAD phasing using in-house chromium radiation
著者: Nan, J. / Zhou, Y.F. / Yang, C. / Brostromer, E. / Kristensen, O. / Su, X.-D.
履歴
登録2009年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein degV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,05110
ポリマ－35,1731
非ポリマー8789
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.1, 84.7, 42.2
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 94.1, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein degV


分子量: 35173.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU35480, degV, yviA / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32436
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.15M potassium bromide, 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 2.2909 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.2909 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→24.9 Å / Num. all: 9588 / Num. obs: 9588 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 60.25
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 31.6 / Num. unique all: 721 / Rsym value: 0.08 / % possible all: 65.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→11.953 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.837 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2246 461 4.85 %RANDOM
Rwork0.1485 9038 --
all0.1523 9499 --
obs0.1523 9499 93.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.696 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 87.03 Å2 / Biso mean: 23.831 Å2 / Biso min: 6.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.545 Å20 Å2-0.454 Å2
2--3.322 Å20 Å2
3----1.777 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→11.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2230 0 29 132 2391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062297
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9983095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.784853
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5003-2.85780.2971270.16652678280583
2.8578-3.58440.25651780.15273110328897
3.5844-11.95360.17441560.13013250340699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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