PDB-3fxt: Crystal structure of the N-terminal domain of human NUDT6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fxt

タイトル

Crystal structure of the N-terminal domain of human NUDT6

要素

Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

キーワード

GENE REGULATION / NUDIX / NUDT6 / GFG / FGF2AS / Antisense basic fibroblast growth factor / FGF-2 regulation / Hydrolase / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

NADH pyrophosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / negative regulation of cell cycle / NAD binding / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Tresaugues, L. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of human NUDT6
著者: Tresaugues, L. / Welin, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / ...

履歴

登録	2009年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3fxt.ent.gz	126.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3fxt_validation.pdf.gz	518.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fxt_full_validation.pdf.gz	524.6 KB	表示
XML形式データ	3fxt_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	3fxt_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/3fxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/3fxt	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3gaj-d 6ewp-2 6ewp-1 6iom-1 1znv-1 4yiq-1 4qko-1 6xnw-1 1s9h-3 3kos-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

B: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

C: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

D: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

E: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

F: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

G: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

H: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

ヘテロ分子

102 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

E: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

G: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 2 ポリマー
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3

F: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

ヘテロ分子

C: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

H: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 2 ポリマー
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5

C: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

ヘテロ分子

F: Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	185.800, 185.800, 129.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-152- HOH

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 6 / Nudix motif 6 / Protein GFG / GFG-1 / Antisense basic fibroblast growth factor 分子量: 12647.166 Da / 分子数: 8 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 45-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF2AS, NUDT6 / プラスミド: pNIC-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: P53370
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.18	61.34
2
3

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.5	19% PEG2000 MME, 0.1M Tris-HCl, 0.25M Trimethylamine. Chymotrypsin was added prior to crystallization to a ratio protease:protein of 1:100., pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
277	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.5	19% PEG2000 MME, 0.1M Tris-HCl, 0.3M Trimethylamine. Chymotrypsin was added prior to crystallization to a ratio protease:protein of 1:100. Crystal was then soaked for 17h in 10% PEG 2000MME, 0.1M Tris-HCl, 0.3M Trimethylamine and 1mM HgAc., pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
277	3	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.5	14% PEG2000 MME, 0.1M Tris-HCl. Chymotrypsin was added prior to crystallization to a ratio protease:protein of 1:100. Crystal was then soaked for 2weeks 10% PEG 2000MME, 0.1M Tris-HCl, 0.3M Trimethylamine and 1mM SmCl3., pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月21日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si(111)monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 2.3 Å / Num. all: 58581 / Num. obs: 58279 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.05 % / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 17.09
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 6.66 % / R_merge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / Num. unique all: 4241 / R_sym value: 0.658 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
autoSHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0035	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→33.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 12.808 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS REFINMENT / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23539	2957	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20112	-	-	-
all	0.20286	55426	-	-
obs	0.20286	55426	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.082 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	0.09 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5594	0	36	354	5984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	5870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4053
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.022	1.933	7958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.199	3	9738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.275	5	742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.02	22.257	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.92	15	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.784	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.52	1.5	3586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.033	1.5	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.998	2	5690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.157	3	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.039	4.5	2252

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	177	-
R_work	0.285	4037	-
obs	-	4037	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8499	-1.1757	1.0593	0.8142	0.3617	1.1723	0.2406	0.3466	0.1594	-0.0205	-0.1519	-0.0266	-0.0849	-0.0151	-0.0887	0.3983	0.1183	0.0966	0.3672	0.0874	0.3646	90.854	37.532	27.899
2	1.7709	-0.6956	0.649	1.0486	0.112	1.7339	0.0504	0.1353	0.1511	0.0245	-0.1038	-0.0781	0.044	0.1216	0.0535	0.434	0.1685	0.1209	0.3807	0.1243	0.3579	90.909	38.741	18.833
3	3.9891	3.4445	3.1773	5.8934	3.4875	2.8291	-0.0431	0.0725	0.2373	-0.4176	-0.1797	0.6077	-0.33	0.0123	0.2229	0.5098	0.0675	-0.0882	0.2612	-0.023	0.4563	72.929	18.629	39.558
4	1.3136	1.2472	0.0253	3.3634	0.1369	1.4883	0.0444	-0.0378	-0.1653	-0.0643	-0.0693	-0.0283	-0.1792	0.0749	0.025	0.4103	0.0345	-0.0372	0.2423	-0.0513	0.4198	77.221	10.6	43.055
5	5.3656	-1.609	-1.632	1.2102	0.3768	4.0924	-0.2016	-0.2499	-0.1004	0.1806	0.1534	0.0396	0.4928	-0.1288	0.0482	0.3562	0.0701	0.0218	0.3599	0.0122	0.3167	62.925	51.324	24.514
6	3.4757	0.038	-1.0893	1.1106	-0.2745	4.5276	-0.0969	-0.2051	0.0752	0.0625	0.119	0.0984	0.1718	-0.2589	-0.0222	0.2623	0.0699	0.0113	0.3876	-0.0364	0.3493	63.694	57.707	15.868
7	1.5915	-2.4964	2.0021	5.9206	-3.9265	3.9012	-0.0411	-0.0643	0.0291	-0.0064	-0.0195	-0.3293	-0.2353	-0.1505	0.0606	0.412	0.055	0.0809	0.2299	0.0898	0.421	109.052	18.334	27.072
8	7.8115	-1.7297	2.9463	7.0078	-2.675	3.815	-0.0334	0.1215	-0.0611	-0.9497	-0.1154	-0.3389	0.1925	0.0599	0.1488	0.6045	0.0671	0.1624	0.163	0.0685	0.3427	110.561	12.84	18.845
9	4.1338	-5.304	1.7059	13.9947	2.807	4.5607	0.0375	0.036	-0.3075	-0.2945	0.0162	0.4327	0.077	-0.3142	-0.0537	0.5393	-0.1088	0.1396	0.3964	-0.0062	0.3764	76.989	26.856	-7.958
10	2.1021	0.1693	0.1031	1.1465	0.6296	2.11	-0.1578	-0.1098	-0.2304	-0.0838	-0.0033	0.0811	0.2341	-0.1146	0.161	0.4637	0.1023	0.1179	0.3118	0.0513	0.3866	78.671	31.147	1.49
11	9.5643	7.006	2.9897	10.8145	0.3163	5.2461	0.0852	0.5082	0.2683	-0.0119	-0.0507	-0.1415	-0.1311	-0.1278	-0.0345	0.4033	0.072	0.0911	0.3094	0.0903	0.3036	91.94	38.243	35.899
12	2.7617	0.4222	1.4202	1.0698	-0.1702	2.5318	-0.13	-0.0341	0.0537	-0.035	0.0893	0.1471	-0.2031	-0.1346	0.0407	0.411	0.0125	0.0244	0.2375	0.0288	0.3693	93.673	35.443	44.687
13	5.2253	-2.6747	-5.9386	4.3691	6.0265	23.0726	-0.0322	-0.4977	-0.5091	0.3363	0.2753	-0.0864	0.8236	0.4556	-0.2432	0.4738	-0.0495	0.1984	0.1393	0.0627	0.6054	60.697	-13.085	57.053
14	2.9023	-0.3194	-0.4256	2.8933	1.0075	3.054	-0.0928	-0.1175	-0.2367	0.2857	-0.0505	0.5355	0.3353	-0.1968	0.1434	0.382	0.0008	0.0708	0.1786	-0.0434	0.5711	62.932	-5.519	50.255
15	6.3979	3.1468	1.0213	8.6175	-1.0258	0.5073	0.2385	1.2188	-0.4752	-1.4533	0.1151	0.5723	0.4448	0.3599	-0.3536	1.1399	0.3725	0.4649	0.7362	-0.1816	0.876	129.279	-7.648	10.539
16	1.966	-1.0642	0.4005	3.5177	-1.3394	3.9838	0.1466	0.2972	0.2589	-1.2496	-0.5776	-1.0961	0.6884	0.6076	0.431	0.7226	0.2825	0.548	0.2525	0.2551	0.6399	125.598	-0.373	18.185

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	65 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	43 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	69 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	42 - 92
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	93 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	43 - 103
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	104 - 130
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	42 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	57 - 130
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	42 - 52
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	53 - 131
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	43 - 54
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	55 - 130
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	44 - 55
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	56 - 130

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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