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- PDB-3fxb: Crystal structure of the ectoine-binding protein UehA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fxb
タイトルCrystal structure of the ectoine-binding protein UehA
要素TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PERIPLASMIC SUBSTRATE BINDING PROTEIN / selectivity helix / transport / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4CS / Ectoine/5-hydroxyectoine-binding periplasmic protein UehA
類似検索 - 構成要素
生物種Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lecher, J. / Pittelkow, M. / Bursy, J. / Smits, S.H.J. / Schmitt, L. / Bremer, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of UehA in complex with ectoine-A comparison with other TRAP-T binding proteins.
著者: Lecher, J. / Pittelkow, M. / Zobel, S. / Bursy, J. / Bonig, T. / Smits, S.H. / Schmitt, L. / Bremer, E.
履歴
登録2009年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit
B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2704
ポリマ－72,9852
非ポリマー2842
水00
1
A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6352
ポリマ－36,4931
非ポリマー1421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6352
ポリマ－36,4931
非ポリマー1421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.000, 61.300, 86.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 310 / Label seq-ID: 15 - 324

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2AA

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要素

#1: タンパク質 TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit


分子量: 36492.641 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-339 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
株: DSS-3 / DSM 15171 / 遺伝子: SPO1147 / プラスミド: pBJ20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5LUA7
#2: 化合物 ChemComp-4CS / (4S)-2-METHYL-1,4,5,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARBOXYLIC ACID / ECTOINE / L-エクトイン


分子量: 142.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N2O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Na Citrate pH 5.6-6.0, 2.4-2.6M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 14412 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 44.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2VPO

2vpo


解像度: 2.9→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 44.893 / SU ML: 0.366 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26161 718 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22009 13642 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.083 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.01 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4862 0 20 0 4882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224996
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9651.9576788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.075618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.49826.179246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.40115816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.631158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.22135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.23486
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0450.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2661.53184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.38725000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.52232052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8474.51788
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 2433 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.010.05
tight thermal0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 51 -
Rwork0.327 988 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6998-0.0609-1.15363.5513-0.7882.91920.2325-0.25380.28120.20530.06020.2111-0.11650.0731-0.2927-0.08570.03830.0579-0.15890.0265-0.2114-7.265-8.81815.645
22.90980.2196-1.78243.1309-2.44047.3791-0.2481-0.4327-0.2419-0.18510.0153-0.5180.49350.84760.2328-0.0740.1557-0.00010.0493-0.0009-0.104911.893-18.1566.131
33.9934-1.0077-2.71924.4296-0.41776.6945-0.19880.3209-0.09970.1878-0.12180.23860.5736-0.54560.3206-0.1472-0.03310.0409-0.1184-0.0713-0.14826.1656.98249.627
46.0563-1.6648-3.12354.70380.3934.66840.2130.67330.1782-0.5985-0.093-0.1603-0.39-0.512-0.12-0.05720.0742-0.00010.08160.0671-0.144716.18116.86230.975
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 75
2X-RAY DIFFRACTION1A91 - 121
3X-RAY DIFFRACTION1A210 - 245
4X-RAY DIFFRACTION2A76 - 90
5X-RAY DIFFRACTION2A122 - 209
6X-RAY DIFFRACTION2A246 - 310
7X-RAY DIFFRACTION3B1 - 75
8X-RAY DIFFRACTION3B91 - 121
9X-RAY DIFFRACTION3B210 - 245
10X-RAY DIFFRACTION4B76 - 90
11X-RAY DIFFRACTION4B122 - 209
12X-RAY DIFFRACTION4B246 - 310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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