ソフトウェア 名称 バージョン 分類 HKL-2000データ収集 AMoRE位相決定 REFMAC5.2.0019精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB Entry 2GTS解像度 : 1.65→40 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.949 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.936 / SU B : 3.595 / SU ML : 0.058 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.189 / ESU R Free : 0.111 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.22512 1053 5.1 % RANDOM Rwork 0.18636 - - - obs 0.18828 19518 97.17 % - all - 20571 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 15.303 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.69 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 1.09 Å2 0 Å2 3- - - -0.41 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.65→40 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1554 0 0 100 1654
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.01 0.021 1596 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.125 1.926 2158 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg3.957 5 189 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg34.566 23.75 112 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg14.017 15 305 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg16.799 15 21 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.085 0.2 218 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.02 1286 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.207 0.2 793 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.304 0.2 1111 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.114 0.2 77 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.252 0.2 58 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.092 0.2 14 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.173 1.5 914 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.835 2 1436 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it3.047 3 758 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it4.589 4.5 713 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS Dom-ID : 1 / Auth asym-ID : A / Ens-ID : 1 / 数 : 678 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
タイプ Rms dev position (Å)Weight position loose positional0.77 5 loose thermal2.27 10
LS精密化 シェル 解像度 : 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.255 80 - Rwork 0.179 1386 - obs - - 95.5 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 2.6709 1.946 -0.7047 1.5415 -0.5092 0.436 -0.0101 0.0709 0.0931 -0.0024 0.0099 0.0782 0.0002 -0.0198 0.0001 -0.0348 0.0168 0.0013 -0.0296 0.0117 -0.02 1.8872 11.8101 30.5096 2 1.7253 1.473 0.3795 1.3185 0.2667 0.4275 0.002 0.0353 -0.0848 0.0248 -0.0132 -0.05 -0.0298 0.0335 0.0112 -0.0237 0.0048 -0.0005 -0.0267 -0.0058 -0.0223 16.6564 11.9292 32.2569
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A5 - 88 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B5 - 88