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万見
- PDB-3fvd: Crystal structure of a member of enolase superfamily from ROSEOVA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fvd
タイトルCrystal structure of a member of enolase superfamily from ROSEOVARIUS NUBINHIBENS ISM complexed with magnesium
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily ...Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Roseovarius nubinhibens ISM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Lau, C. / Ozyurt, S. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a member of enolase superfamily from ROSEOVARIUS NUBINHIBENS ISM complexed with magnesium
著者: Malashkevich, V.N. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Lau, C. / Ozyurt, S. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Structure summary
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4024
ポリマ－81,3542
非ポリマー492
水6,161342
1
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,61016
ポリマ－325,4158
非ポリマー1948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area26210 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area90870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.518, 126.518, 97.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-388-

HOH

21A-391-

HOH

31A-393-

HOH

41A-395-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: -99999 - 99999 / Label seq-ID: -99999 - 99999

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2AA

-
要素

#1: タンパク質 Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme


分子量: 40676.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Roseovarius nubinhibens ISM (バクテリア)
遺伝子: ISM_14065 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A3SNF7
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5M Sodium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月2日
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→97.294 Å / Num. obs: 39470 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 28.5 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 3.708
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.22-2.3424.20.9540.713345655260.95497.3
2.34-2.48290.684115664253940.684100
2.48-2.6529.50.4531.514943250690.453100
2.65-2.8729.70.2972.314139247540.297100
2.87-3.1429.80.2163.213062143850.216100
3.14-3.5129.70.1444.711806839800.144100
3.51-4.0529.40.1076.110412935370.107100
4.05-4.9629.10.09278812230330.092100
4.96-7.0228.30.1036.26788923950.103100
7.02-33.0125.40.0817.63544113970.08199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 35.56 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å31.42 Å
Translation2.5 Å31.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / WRfactor Rfree: 0.206 / WRfactor Rwork: 0.153 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.865 / SU B: 12.709 / SU ML: 0.141 / SU R Cruickshank DPI: 0.291 / SU Rfree: 0.218 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1789 5 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.167 35579 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.01 Å2 / Biso mean: 22.267 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5487 0 2 342 5831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0215663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8271.9567750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4075738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.85423.029241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.62715843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8341549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0224409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4543.53641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.19505837
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.009502022
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.694.51906
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2706 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
BTIGHT POSITIONAL0.335
ATIGHT THERMAL2.4210
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 130 -
Rwork0.214 2406 -
all-2536 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56530.05940.05011.0419-0.25750.43280.0043-0.10290.19630.10020.0076-0.0734-0.0783-0.0004-0.01190.0730.00730.00480.0344-0.04180.0849-0.7965-30.977542.1267
20.60390.25590.10010.85780.1690.31960.00190.11880.193-0.1090.0151-0.0923-0.05280.0386-0.0170.0718-0.03260.03390.07550.04260.10420.5154-38.608516.6263
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B0 - 369
2X-RAY DIFFRACTION1B501
3X-RAY DIFFRACTION2A0 - 369
4X-RAY DIFFRACTION2A501
5X-RAY DIFFRACTION2A377 - 719

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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