+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fva | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NNQNTF segment from elk prion | ||||||
![]() | Major prion protein | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / amyloid-like protofibril / Cell membrane / Glycoprotein / Golgi apparatus / GPI-anchor / Lipoprotein / Membrane / Prion | ||||||
機能・相同性 | ![]() side of membrane / protein homooligomerization / copper ion binding / Golgi apparatus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Apostol, M.I. / Eisenberg, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanisms for protein-encoded inheritance. 著者: Wiltzius, J.J. / Landau, M. / Nelson, R. / Sawaya, M.R. / Apostol, M.I. / Goldschmidt, L. / Soriaga, A.B. / Cascio, D. / Rajashankar, K. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 8.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 5.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 369.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 369.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | Authors state that the biological unit is an indefinitely long pair of sheets (a protofibril). One sheet is constructed from chain A (X,Y,Z) and unit cell translations along b cell dimension (e.g. X,Y+1,Z; X,Y-1,Z). The second sheet is constructed from crystallographic symmetry operator -x-1,y+1/2,-z-1 and unit cell translations along the b dimension (e.g. -x-1,y+3/2,-z-1). There is an additional polymorph of the biological unit (also a pair of beta sheets). One sheet is constructed from chain A (X,Y,Z) and unit cell translations along b cell dimension (e.g. X,Y+1,Z; X,Y-1,Z). The second sheet is constructed from crystallographic symmetry operator -x,y+1/2,-z-1 and unit cell translations along the b dimension (e.g. -x,y+3/2,-z-1). |
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 736.730 Da / 分子数: 1 / 断片: NNQNTF (residues 173-178) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NNQNTF (residues 173-178) from elk prion protein / 参照: UniProt: P67986 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.248 Å3/Da / 溶媒含有率: 1.417 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.946496 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 750 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 7.197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
---|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 11.11 Å2 / Biso mean: 0.702 Å2 / Biso min: 0 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.458→21.03 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.458→1.496 Å / Total num. of bins used: 20
|