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- PDB-3fv9: Crystal structure of putative mandelate racemase/muconatelactoniz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fv9
タイトルCrystal structure of putative mandelate racemase/muconatelactonizing enzyme from ROSEOVARIUS NUBINHIBENS ISM complexed with magnesium
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / MANDELATE RACEMASE/MUCONATELACTONIZING ENZYME / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 ...Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Roseovarius nubinhibens ISM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Lau, C. / Ozyurt, S. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of putative mandelate racemase/muconatelactonizing enzyme from ROSEOVARIUS NUBINHIBENS ISM complexed with magnesium
著者: Malashkevich, V.N. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Lau, C. / Ozyurt, S. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Structure summary
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
D: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
E: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
F: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
H: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
C: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)328,92813
ポリマ－328,8068
非ポリマー1225
水46,8392600
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29130 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area84600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.082, 174.566, 108.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C
31D
41E
51F
61G
71H
81A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: -99999 - 99999 / Label seq-ID: -99999 - 99999

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2CC
3DD
4EE
5FF
6GG
7HH
8AA

-
要素

#1: タンパク質
Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme


分子量: 41100.797 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Roseovarius nubinhibens ISM (バクテリア)
遺伝子: ISM_14080 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A3SNG0
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 24% PEG3350, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.094 Å / Num. obs: 240078 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 7.619
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.9-2.0110.90.3781.5363082333280.37892.1
2.01-2.1312.30.2343404361327840.23495.4
2.13-2.2712.20.1764375063306740.17695.1
2.27-2.4612.20.1325.3348266284630.13294.6
2.46-2.6912.20.1046.7321437264170.10495.3
2.69-3.0112.10.088.4295572244400.0897.1
3.01-3.4712.20.06110.3269546220210.06198.7
3.47-4.2512.70.04812.6239194187940.04899.2
4.25-6.0214.20.04413.7209768148210.044100
6.02-46.0914.10.04112.811713083360.04199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 41.99 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.09 Å
Translation2.5 Å46.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.906 / WRfactor Rwork: 1.01 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.799 / SU B: 8.138 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.174 / SU Rfree: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 12030 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 239777 95.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.81 Å2 / Biso mean: 18.525 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22009 0 5 2600 24614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02122451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1831.97530506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.34852972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.42222.503887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.237153658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9115236
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.23531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02116948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6793.514718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4515023445
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.657507733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8374.57056
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2642 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
BTIGHT POSITIONAL0.665
CTIGHT POSITIONAL0.425
DTIGHT POSITIONAL0.685
ETIGHT POSITIONAL0.365
FTIGHT POSITIONAL0.555
GTIGHT POSITIONAL0.395
HTIGHT POSITIONAL0.345
ATIGHT POSITIONAL0.45
BTIGHT THERMAL2.1910
CTIGHT THERMAL1.6510
DTIGHT THERMAL1.9510
ETIGHT THERMAL1.9110
FTIGHT THERMAL2.5510
GTIGHT THERMAL2.2910
HTIGHT THERMAL2.7910
ATIGHT THERMAL1.7410
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 848 -
Rwork0.424 15329 -
all-16177 -
obs--88.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6055-0.0643-0.0030.5573-0.0740.3873-0.04440.1220.0727-0.07570.02950.0806-0.0097-0.02070.01490.0194-0.0076-0.02220.04290.01520.026714.7839-29.5035-44.5055
20.6426-0.26160.10030.7569-0.0660.2263-0.0072-0.074-0.12610.16340-0.02510.05760.00780.00720.08040.015-0.00730.03070.02510.037853.9497-68.7633-12.8339
30.53350.0371-0.03570.59160.04060.2346-0.0283-0.04790.08430.2-0.0414-0.155-0.05040.03030.06970.1295-0.025-0.10760.04630.02790.105169.6618-26.5379-8.7348
40.6005-0.37590.01330.8244-0.15960.225-0.0731-0.0890.13370.22160.04850.0162-0.0595-0.00530.02460.10050.0237-0.0120.0221-0.03130.069927.7162-9.8229-15.7241
50.69040.12270.11410.5392-0.20980.37330.0081-0.0727-0.05160.07520.01380.0885-0.0071-0.0633-0.02190.021-0.00890.02310.0261-0.00150.031711.3613-52.4938-19.0255
60.6390.12890.16660.6232-0.04940.20930.03730.1716-0.1899-0.0520.0040.01160.06050.045-0.04140.0430.0136-0.0070.0598-0.05950.065935.1246-69.7198-41.6943
70.5612-0.10710.27481.2749-0.03670.32910.02590.16050.0202-0.0979-0.0553-0.35990.0440.14330.02940.01850.03570.03630.11770.03670.109875.2337-48.7207-34.4134
80.30850.1091-0.14190.99880.16230.4531-0.03940.06380.1048-0.0303-0.0084-0.1021-0.07070.03750.04770.0303-0.0205-0.04320.04890.05570.102454.4477-8.227-37.4206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 373
2X-RAY DIFFRACTION1B501
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 374
4X-RAY DIFFRACTION2C501
5X-RAY DIFFRACTION3D1 - 373
6X-RAY DIFFRACTION4E1 - 373
7X-RAY DIFFRACTION4E501
8X-RAY DIFFRACTION5F1 - 373
9X-RAY DIFFRACTION5F501
10X-RAY DIFFRACTION6G1 - 373
11X-RAY DIFFRACTION6G385 - 2984
12X-RAY DIFFRACTION7H1 - 374
13X-RAY DIFFRACTION8A1 - 374
14X-RAY DIFFRACTION8A501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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