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万見
- PDB-3fv5: Crystal Structure of E. coli Topoisomerase IV co-complexed with i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fv5
タイトルCrystal Structure of E. coli Topoisomerase IV co-complexed with inhibitor
要素DNA topoisomerase 4 subunit B
キーワードISOMERASE / topoisomerase IV B subunit complex / Antibiotic resistance / ATP-binding / Nucleotide-binding / Topoisomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid partitioning / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / sister chromatid cohesion / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome organization / chromosome segregation / chromosome ...plasmid partitioning / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / sister chromatid cohesion / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome organization / chromosome segregation / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal ...DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1EU / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wei, Y. / Charifson, P. / LeTiran, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Design and syntheses of novel C7-derived-aminobenzimidazole ureas: bacterial gyrase/topoisomerase IV inhibitors with potent Gram-positve antibacterial activity
著者: Wei, Y. / Letiran, A.
履歴
登録2009年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit B
B: DNA topoisomerase 4 subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3514
ポリマ－44,7042
非ポリマー6472
水7,837435
1
A: DNA topoisomerase 4 subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6762
ポリマ－22,3521
非ポリマー3231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA topoisomerase 4 subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6762
ポリマ－22,3521
非ポリマー3231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.420, 72.840, 70.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit B / Topoisomerase IV subunit B


分子量: 22352.160 Da / 分子数: 2 / 断片: topoisomerase IV subunit B / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: parE, nfxD, b3030, JW2998 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P20083, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses
#2: 化合物 ChemComp-1EU / 1-(4-acetyl-6-pyridin-3-yl-1H-benzimidazol-2-yl)-3-ethylurea


分子量: 323.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% PEG 4000, 0.1M MES, pH=5.5, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Ni mirrors + Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 33331 / % possible obs: 81.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.12 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.033

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNX2005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S14

1s14


解像度: 1.8→19.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2167981.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1675 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.199 33267 --
obs0.199 33150 82.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.3431 Å2 / ksol: 0.379115 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8 Å20 Å2-0.48 Å2
2---0 Å2
3----6.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2842 0 48 435 3325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.872.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 128 4.6 %
Rwork0.246 2635 -
obs--41.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.pprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2751107.par751107.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.parwater_rep.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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