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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fuh | ||||||
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タイトル | Leukotriene A4 hydrolase in complex with fragment 5-hydroxyindole and bestatin | ||||||
![]() | Leukotriene A-4 hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Leukotriene A4 Hydrolase / LTA4H / Fragment crystallography / Fragments of Life / FOL / Alternative splicing / Cytoplasm / Leukotriene biosynthesis / Metal-binding / Metalloprotease / Multifunctional enzyme / Polymorphism / Protease / Zinc | ||||||
機能・相同性 | ![]() leukotriene-A4 hydrolase / tripeptide aminopeptidase / tripeptide aminopeptidase activity / leukotriene-A4 hydrolase activity / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) ...leukotriene-A4 hydrolase / tripeptide aminopeptidase / tripeptide aminopeptidase activity / leukotriene-A4 hydrolase activity / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / protein metabolic process / epoxide hydrolase activity / leukotriene biosynthetic process / type I pneumocyte differentiation / peptide catabolic process / response to zinc ion / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / lipid metabolic process / response to peptide hormone / tertiary granule lumen / peptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Davies, D.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of leukotriene A4 hydrolase inhibitors using metabolomics biased fragment crystallography. 著者: Davies, D.R. / Mamat, B. / Magnusson, O.T. / Christensen, J. / Haraldsson, M.H. / Mishra, R. / Pease, B. / Hansen, E. / Singh, J. / Zembower, D. / Kim, H. / Kiselyov, A.S. / Burgin, A.B. / ...著者: Davies, D.R. / Mamat, B. / Magnusson, O.T. / Christensen, J. / Haraldsson, M.H. / Mishra, R. / Pease, B. / Hansen, E. / Singh, J. / Zembower, D. / Kim, H. / Kiselyov, A.S. / Burgin, A.B. / Gurney, M.E. / Stewart, L.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 748.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 752.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ftsC ![]() 3ftuC ![]() 3ftvC ![]() 3ftwC ![]() 3ftxC ![]() 3ftyC ![]() 3fu0C ![]() 3fu3C ![]() 3fu5C ![]() 3fu6C ![]() 3fudC ![]() 3fueC ![]() 3fufC ![]() 3fuiC ![]() 3fujC ![]() 3fukC ![]() 3fumC ![]() 3funC ![]() 3fh7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 69363.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 641分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/YB.gif)
![](data/chem/img/5H1.gif)
![](data/chem/img/BES.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/YB.gif)
![](data/chem/img/5H1.gif)
![](data/chem/img/BES.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-5H1 / | #5: 化合物 | ChemComp-BES / | #6: 化合物 | ChemComp-IMD / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 13% PEG 8000, 100 mM Imidazole pH 6.5, 100 mM Na Acetate, 5 mM YbCl3, soak with 25 mM 5-hydroxyindole and 1 mM bestatin, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月7日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 59531 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / % possible all: 60.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3FH7 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.696 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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