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- PDB-3fuc: Recombinant calf purine nucleoside phosphorylase in a binary comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fuc
タイトルRecombinant calf purine nucleoside phosphorylase in a binary complex with multisubstrate analogue inhibitor 9-(5',5'-difluoro-5'-phosphonopentyl)-9-deazaguanine structure in a new space group with one full trimer in the asymmetric unit
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / purine nucleoside phosphorylase / recombinant / glycosyltransferase / 9-deazaguanine / multisubstrate analogue inhibitors / nucleoside-binding / phosphate-binding / binding site / trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine ribonucleoside salvage / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Purine nucleoside phosphorylase I, inosine/guanosine-specific / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Purine nucleoside phosphorylase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9D9 / AZIDE ION / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Bochtler, M. / Breer, K. / Bzowska, A. / Chojnowski, G. / Hashimoto, M. / Hikishima, S. / Narczyk, M. / Wielgus-Kutrowska, B. / Yokomatsu, T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2010
タイトル: 1.45 A resolution crystal structure of recombinant PNP in complex with a pM multisubstrate analogue inhibitor bearing one feature of the postulated transition state.
著者: Chojnowski, G. / Breer, K. / Narczyk, M. / Wielgus-Kutrowska, B. / Czapinska, H. / Hashimoto, M. / Hikishima, S. / Yokomatsu, T. / Bochtler, M. / Girstun, A. / Staron, K. / Bzowska, A.
履歴
登録2009年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年7月20日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
B: Purine nucleoside phosphorylase
C: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,18510
ポリマ－95,0613
非ポリマー1,1247
水8,053447
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area29860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.795, 78.253, 94.901
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-302-

MG

21C-303-

MG

31C-505-

HOH

41C-511-

HOH

51C-516-

HOH

61C-530-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase / PNP / Inosine phosphorylase


分子量: 31687.113 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-284 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: NP, PNP / プラスミド: PET-28A+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P55859, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-9D9 / [5-(2-amino-4-oxo-4,5-dihydro-3H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)-1,1-difluoropentyl]phosphonic acid / DFPP-DG / DFPP-DG


分子量: 336.232 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15F2N4O4P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FEATURE OF UNIPROT (PNPH_BOVIN, P55859) SHOWS "CONFLICT" AT THIS POSITION: A -> Q (IN REF. 1)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 33% PEG 400, 0.1M SODIUM AZIDE, 0.1M HEPES, 0.1M MAGNESIUM CHLORIDE, 1% OCTYL BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月18日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→10 Å / Num. all: 173360 / Num. obs: 173360 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 25329 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LVU

1lvu


解像度: 1.45→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19933 8787 5.1 %THIN RESIOLUTION SHELLS
Rwork0.17999 ---
all0.18095 173360 --
obs0.18095 173360 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20.13 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6456 0 72 447 6975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3862.0059700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.6833.00714763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8475915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67423.965343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.148151189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3841554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021502
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.26192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.23449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1060.23402
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1030.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3310.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.270.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0620.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7821.54359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.51787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36927072
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07132753
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2644.52624
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.449→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 676 -
Rwork0.215 12059 -
obs-12059 99.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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