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- PDB-3fua: L-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE CRYSTAL FORM K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fua
タイトルL-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE CRYSTAL FORM K
要素L-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
キーワードLYASE (ALDEHYDE) / CLASS II ALDOLASE / ZINC ENZYME / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-fuculose-phosphate aldolase / L-fuculose-phosphate aldolase activity / D-arabinose catabolic process / L-fucose catabolic process / pentose catabolic process / aldehyde-lyase activity / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-fucose phosphate aldolase / L-fuculose-1-phosphate Aldolase / Class II aldolase/adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / L-fuculose phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Dreyer, M.K. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Catalytic mechanism of the metal-dependent fuculose aldolase from Escherichia coli as derived from the structure.
著者: Dreyer, M.K. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Catalytic Mechanism of the Metal-Dependent Fuculose Aldolase from Escherichia Coli as Derived from the Structure
著者: Dreyer, M.K. / Schulz, G.E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: The Spatial Structure of the Class II L-Fuculose-1-Phosphate Aldolase from Escherichia Coli
著者: Dreyer, M.K. / Schulz, G.E.
#3: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 1991
タイトル: Diastereoselective Enzymatic Aldol Additions: L-Rhamnulose and L-Fuculose 1-Phosphate Aldolases from E.Coli
著者: Fessner, W.-D. / Sinerius, G. / Schneider, A. / Dreyer, M. / Schulz, G.E. / Badia, J. / Aguilar, J.
履歴
登録1996年2月14日処理サイト: BNL
改定 1.01996年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0805
ポリマ－23,8051
非ポリマー2754
水1,11762
1
A: L-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: L-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: L-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子

A: L-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,32220
ポリマ－95,2214
非ポリマー1,10016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation21_556z,y,-x+11
crystal symmetry operation23_655-z+1,y,x1
Buried area10180 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area31300 Å2
手法PISA, PQS
2
A: L-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)577,929120
ポリマ－571,32824
非ポリマー6,60196
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation17_556x,z,-y+11
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation19_666-x+1,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation20_565x,-z+1,y1
crystal symmetry operation21_556z,y,-x+11
crystal symmetry operation22_565z,-y+1,x1
crystal symmetry operation23_655-z+1,y,x1
crystal symmetry operation24_666-z+1,-y+1,-x+11
Buried area70940 Å2
ΔGint-1102 kcal/mol
Surface area179460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.000, 183.000, 183.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

CL

21A-401-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 L-FUCULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE


分子量: 23805.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CHLORIDE PRESUMABLY REPRESENTS A ROTATIONALLY DISORDERED SULFATE ION
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 ECL116 / プラスミド: PKKFA2 / 遺伝子 (発現宿主): FUCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P0AB87, L-fuculose-phosphate aldolase

-
非ポリマー , 5種, 66分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
30.5 mM1dropZnCl2
410 mMbeta-mercaptoethanol1drop
51.62 Mammonium sulfate1reservoir
620 mMpotassium phosphate1reservoir
74 mM1reservoirZnCl2
84 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.58 Å / Num. obs: 7505 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.049
反射
*PLUS
最高解像度: 2.67 Å / Num. obs: 7316 / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 48988
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
XDSデータ削減
X-PLOR3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→10 Å / σ(F): 0
詳細: LOOP 23 - 27, WHICH IS NEAR THE ACTIVE SITE AND PARTICIPATES IN THE SUBUNIT INTERFACE, IS MOBILE, HAS ONLY POOR DENSITY AND THE COORDINATES ARE NOT RELIABLE. THE NINE C-TERMINAL RESIDUES ...詳細: LOOP 23 - 27, WHICH IS NEAR THE ACTIVE SITE AND PARTICIPATES IN THE SUBUNIT INTERFACE, IS MOBILE, HAS ONLY POOR DENSITY AND THE COORDINATES ARE NOT RELIABLE. THE NINE C-TERMINAL RESIDUES CANNOT BE LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAP.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 -10 %
Rwork0.184 --
obs0.184 7316 95 %
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å / Luzzati sigma a obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1593 0 11 62 1666
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.92.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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