+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fu5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Leukotriene A4 hydrolase in complex with (5-thiophen-2-ylthiophen-2-yl)methylamine | ||||||
要素 | Leukotriene A-4 hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Leukotriene A4 Hydrolase / LTA4H / Fragment crystallography / Fragments of Life / FOL / Alternative splicing / Cytoplasm / Leukotriene biosynthesis / Metal-binding / Metalloprotease / Multifunctional enzyme / Polymorphism / Protease / Zinc | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / protein metabolic process ...leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / protein metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / epoxide hydrolase activity / leukotriene biosynthetic process / type I pneumocyte differentiation / peptide catabolic process / response to zinc ion / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / lipid metabolic process / response to peptide hormone / tertiary granule lumen / peptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Davies, D.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009 タイトル: Discovery of leukotriene A4 hydrolase inhibitors using metabolomics biased fragment crystallography. 著者: Davies, D.R. / Mamat, B. / Magnusson, O.T. / Christensen, J. / Haraldsson, M.H. / Mishra, R. / Pease, B. / Hansen, E. / Singh, J. / Zembower, D. / Kim, H. / Kiselyov, A.S. / Burgin, A.B. / ...著者: Davies, D.R. / Mamat, B. / Magnusson, O.T. / Christensen, J. / Haraldsson, M.H. / Mishra, R. / Pease, B. / Hansen, E. / Singh, J. / Zembower, D. / Kim, H. / Kiselyov, A.S. / Burgin, A.B. / Gurney, M.E. / Stewart, L.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fu5.cif.gz | 138.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3fu5.ent.gz | 105.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fu5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fu5_validation.pdf.gz | 461.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3fu5_full_validation.pdf.gz | 464.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3fu5_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fu5_validation.cif.gz | 35.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/3fu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/3fu5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3ftsC 3ftuC 3ftvC 3ftwC 3ftxC 3ftyC 3fu0C 3fu3C 3fu6C 3fudC 3fueC 3fufC 3fuhC 3fuiC 3fujC 3fukC 3fumC 3funC 3fh7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 69363.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTA4H, LTA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI/pRARE / 参照: UniProt: P09960, leukotriene-A4 hydrolase |
---|
-非ポリマー , 6種, 229分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||
---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-YB / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-492 / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||
#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 13% PEG 8000, 100 mM Imidazole pH 6.5, 100 mM Na Acetate, 5 mM YbCl3, crystal soaked in 13% PEG 8000, 100 mM Imidazole, 100 mM Sodium acetate, 150 mM NaCl, 25 mM 5-thiophen-2-ylthiophen-2-yl) ...詳細: 13% PEG 8000, 100 mM Imidazole pH 6.5, 100 mM Na Acetate, 5 mM YbCl3, crystal soaked in 13% PEG 8000, 100 mM Imidazole, 100 mM Sodium acetate, 150 mM NaCl, 25 mM 5-thiophen-2-ylthiophen-2-yl)methylamine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 29988 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Net I/σ(I): 4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.785 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3FH7 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 7.293 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.392 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.57 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
|