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- PDB-3fsy: Structure of tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase (Rv1201... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fsy
タイトルStructure of tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase (Rv1201c;DapD) in complex with succinyl-CoA from Mycobacterium tuberculosis
要素Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / beta helix / L beta H domain / Acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-CoA binding / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / sodium ion binding / : / : / peptidoglycan-based cell wall / magnesium ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, actinobacteria / Trimeric LpxA-like enzymes / Alpha-Beta Plaits - #2010 / Type 2 tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase family / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase middle / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Hexapeptide repeat proteins ...2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, actinobacteria / Trimeric LpxA-like enzymes / Alpha-Beta Plaits - #2010 / Type 2 tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase family / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase, middle domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase middle / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / SUCCINYL-COENZYME A / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Schuldt, L. / Weyand, S. / Kefala, G. / Weiss, M.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The three-dimensional Structure of a mycobacterial DapD provides insights into DapD diversity and reveals unexpected particulars about the enzymatic mechanism.
著者: Schuldt, L. / Weyand, S. / Kefala, G. / Weiss, M.S.
履歴
登録2009年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
B: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
C: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
D: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
E: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,26429
ポリマ－171,9245
非ポリマー4,34024
水13,277737
1
A: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
B: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
C: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,28117
ポリマ－103,1543
非ポリマー3,12714
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13140 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area30630 Å2
手法PISA
2
D: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
ヘテロ分子

D: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
ヘテロ分子

D: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,90418
ポリマ－103,1543
非ポリマー74915
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area10930 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area31530 Å2
手法PISA
3
E: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
ヘテロ分子

E: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
ヘテロ分子

E: Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,04518
ポリマ－103,1543
非ポリマー2,89115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area13170 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area30100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.960, 216.960, 216.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-332-

MG

21D-333-

MG

31D-334-

NA

41E-332-

MG

51E-333-

MG

61E-334-

MG

71E-335-

NA

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase


分子量: 34384.719 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT1239, Rv1201c / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E.coli BL21(DE3) cc5
参照: UniProt: O05302, UniProt: P9WP21*PLUS, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 761分子

#2: 化合物
ChemComp-SCA / SUCCINYL-COENZYME A


分子量: 867.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O19P3S
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM magnesium acetate tetrahydrate, 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 11 %(w/v) PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月2日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→99 Å / Num. all: 118965 / Num. obs: 118943 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 %
反射 シェル解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 6.8 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.97→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.974 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1999 1488 1.3 %RANDOM
Rwork0.16098 ---
obs0.16147 117269 99.87 %-
all-117421 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.537 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10971 0 219 737 11927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02111417
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7071.98515578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0751533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.86922.019426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.456151699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.67515117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0691.57474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9192.511933
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.21953943
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.487103633
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 110 -
Rwork0.199 8620 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6838-0.0988-0.11651.39260.87751.2694-0.0017-0.0669-0.06040.1666-0.04040.09950.1756-0.06640.0421-0.1224-0.01690.0168-0.12720.0338-0.127982.150820.933731.9925
20.86850.28090.69840.7320.38771.9934-0.0243-0.05460.1142-0.0157-0.0270.0232-0.1763-0.06370.0513-0.14850.0010.0238-0.14690.006-0.121589.839145.376522.7642
30.7256-0.1797-0.65070.62610.11622.0617-0.0226-0.1364-0.0170.08330.0441-0.10560.07440.3125-0.0215-0.12870.0055-0.0256-0.0862-0.0031-0.1001108.538527.057429.1032
41.16350.04930.8430.39040.28781.4691-0.06090.09910.0767-0.09430.034-0.0649-0.13620.13590.0269-0.1332-0.01790.021-0.1597-0.0021-0.12449.306445.798128.5338
53.59332.05250.98372.40651.07131.28310.0029-0.01570.1694-0.06960.0944-0.4599-0.43940.378-0.09740.3524-0.2391-0.09840.1202-0.11230.291292.144191.618772.5869
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 310
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 309
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 303
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 310
5X-RAY DIFFRACTION5E5 - 310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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