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- PDB-3fsr: Chimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fsr
タイトルChimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor binding domain res 153-295 of T. brockii ADH by C. beijerinckii ADH
要素NADP-dependent alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxydoreductase / bacterial alcohol dehydrogenase / domain exchange / chimera / Metal-binding / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP-dependent isopropanol dehydrogenase / NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter brockii (バクテリア)
Clostridium beijerinckii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Frolow, F. / Greenblatt, H. / Goihberg, E. / Burstein, Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Biochemical and structural properties of chimeras constructed by exchange of cofactor-binding domains in alcohol dehydrogenases from thermophilic and mesophilic microorganisms
著者: Goihberg, E. / Peretz, M. / Tel-Or, S. / Dym, O. / Shimon, L. / Frolow, F. / Burstein, Y.
履歴
登録2009年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32017年8月9日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
B: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
C: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
D: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,98316
ポリマ－151,2444
非ポリマー73812
水17,619978
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16700 Å2
ΔGint-324 kcal/mol
Surface area45070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.291, 101.427, 113.169
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
NADP-dependent alcohol dehydrogenase


分子量: 37811.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 153-295 inserted from alcohol dehydrogenase of Clostridium beijerincki i
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter brockii (バクテリア), (組換発現) Clostridium beijerinckii (バクテリア)
遺伝子: ADH1,ADH1 / プラスミド: BS-P58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG-I
参照: UniProt: P14941, UniProt: P25984, alcohol dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION / CbADH


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 978 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.01 % / Mosaicity: 0.429 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8mg/mL protein [25mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 0.1mM DTT, 50mM ZnCl2 (pH=7.5)] was mixed with 0.001ml of reservoir solution [16% (w/v) PEG 8000, 200mM magnesium acetate tetrahydrate, 100mM ...詳細: 8mg/mL protein [25mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 0.1mM DTT, 50mM ZnCl2 (pH=7.5)] was mixed with 0.001ml of reservoir solution [16% (w/v) PEG 8000, 200mM magnesium acetate tetrahydrate, 100mM Cacodylate buffer (pH 6.5)], vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月11日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 225662 / Num. obs: 90320 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Χ2: 1.655 / Net I/σ(I): 11.363
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.240.6244991.5471100
2.24-2.280.53744901.542199.9
2.28-2.320.51745111.449199.9
2.32-2.370.47645251.555199.9
2.37-2.420.44445061.491100
2.42-2.480.40545281.509199.8
2.48-2.540.3444471.538199.9
2.54-2.610.32245451.57199.9
2.61-2.690.27745201.55199.9
2.69-2.770.24244781.602199.9
2.77-2.870.21245231.6011100
2.87-2.990.17945341.666199.9
2.99-3.120.13544891.672199.9
3.12-3.290.10945521.704199.9
3.29-3.490.0845341.6791100
3.49-3.760.0745381.854199.9
3.76-4.140.05445031.768199.8
4.14-4.740.04445541.841199.4
4.74-5.970.04745151.765199.1
5.97-500.03245292.13197.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.367 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.636
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å39.42 Å
Translation3.5 Å39.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→39.418 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.13 / FOM work R set: 0.853 / SU ML: 1.71 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 4215 5 %random
Rwork0.161 ---
all0.164 84334 --
obs0.164 84334 92.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.655 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 182.3 Å2 / Biso mean: 32.817 Å2 / Biso min: 5.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.709 Å20 Å22.233 Å2
2--2.039 Å20 Å2
3----4.748 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.418 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10592 0 27 978 11597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0914780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051920
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6234030
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2790.3193700.2577172754284
2.279-2.370.294100.2287507791787
2.37-2.4770.3034260.2187646807289
2.477-2.6080.2713900.2017815820591
2.608-2.7720.2674190.1838008842793
2.772-2.9850.2544370.1878157859495
2.985-3.2860.2424480.1688313876197
3.286-3.7610.184440.1238447889198
3.761-4.7370.1334320.0978509894198
4.737-39.4240.1914390.1498545898497
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.4295 Å / Origin y: -12.8248 Å / Origin z: 27.4714 Å
111213212223313233
T0.0413 Å2-0.0081 Å20.0017 Å2-0.0331 Å20.0021 Å2--0.0427 Å2
L0.1985 °2-0.0075 °2-0.0271 °2-0.4085 °20.1402 °2--0.5352 °2
S0.0164 Å °0.0444 Å °0.0502 Å °0.1083 Å °-0.0197 Å °0.0215 Å °0.1227 Å °0.0046 Å °0.003 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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