PDB-3fsl: Crystal structure of tyrosine aminotransferase tripple mutant (P1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fsl

タイトル

Crystal structure of tyrosine aminotransferase tripple mutant (P181Q,R183G,A321K) from Escherichia coli at 2.35 A resolution

要素

Aromatic-amino-acid aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Tyrosine aminotransferase / pyridoxal phosphate / internal aldimine / Schiff base / Amino-acid biosynthesis / Aminotransferase / Aromatic amino acid biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-methylphenylalanine transaminase / L-tyrosine biosynthetic process from chorismate via 4-hydroxyphenylpyruvate / aromatic-amino-acid transaminase activity / aromatic-amino-acid transaminase / L-phenylalanine-2-oxoglutarate transaminase activity / aspartate biosynthetic process / : / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-leucine biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Ng, B. / Kirsch, J.F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of tyrosine aminotransferase tripple mutant (P181Q,R183G,A321K) from Escherichia coli at 2.35 A resolution
著者: Malashkevich, V.N. / Ng, B. / Kirsch, J.F.

履歴

登録	2009年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fsl.cif.gz	475.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fsl.ent.gz	391.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fsl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fsl_validation.pdf.gz	500 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fsl_full_validation.pdf.gz	555.2 KB	表示
XML形式データ	3fsl_validation.xml.gz	95.2 KB	表示
CIF形式データ	3fsl_validation.cif.gz	133.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/3fsl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/3fsl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ay8-d 4rkd-3 3ii0-5 2qbt-1 3tat-1 1amq-1 6ezl-d 4f4e-d 3tat-3 2o1b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aromatic-amino-acid aminotransferase

B: Aromatic-amino-acid aminotransferase

C: Aromatic-amino-acid aminotransferase

D: Aromatic-amino-acid aminotransferase

E: Aromatic-amino-acid aminotransferase

F: Aromatic-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

263 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aromatic-amino-acid aminotransferase

B: Aromatic-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Aromatic-amino-acid aminotransferase

D: Aromatic-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Aromatic-amino-acid aminotransferase

F: Aromatic-amino-acid aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.880, 119.160, 242.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: -99999 - 99999 / Label seq-ID: -99999 - 99999

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

詳細

DIMER

#1: タンパク質	Aromatic-amino-acid aminotransferase / tyrosine aminotransferase / AROAT / ARAT 分子量: 43568.625 Da / 分子数: 6 / 変異: P171Q,R173G,A310K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: BL21 / 遺伝子: b4054, JW4014, tat, tyrB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04693, aromatic-amino-acid transaminase
#2: 化合物	ChemComp-PLR / (5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 4'-DEOXYPYRIDOXINE PHOSPHATE / 5-(ホスホノオキシメチル)-2,4-ジメチル-3-ピリジノ-ル分子量: 233.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂NO₅P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 879 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15-17% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 294 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.02 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 119658 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

解像度: 2.35→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / WR_factor R_free: 0.252 / WR_factor R_work: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.834 / SU B: 19.051 / SU ML: 0.201 / SU R Cruickshank DPI: 0.454 / SU R_free: 0.278 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	5379	5 %	RANDOM
R_work	0.213	-	-	-
obs	0.215	108457	90.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.44 Å² / B_iso mean: 34.885 Å² / B_iso min: 10.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18384	0	90	879	19353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	18828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.758	1.967	25512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.712	5	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.285	23.916	858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.623	15	3054
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.576	15	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	14352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.13	1.5	11796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.638	20	18780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.475	20	7032
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.335	4.5	6732

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3079 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	TIGHT POSITIONAL	0.16	0.05
B	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
C	TIGHT POSITIONAL	0.15	0.05
D	TIGHT POSITIONAL	0.11	0.05
E	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
F	TIGHT POSITIONAL	0.12	0.05
A	TIGHT THERMAL	0.2	0.5
B	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
C	TIGHT THERMAL	0.19	0.5
D	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
E	TIGHT THERMAL	0.18	0.5
F	TIGHT THERMAL	0.18	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.354→2.414 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	370	-
R_work	0.336	6653	-
all	-	7023	-
obs	-	-	81.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.177	0.2948	-0.1441	0.494	-0.203	0.5737	0.0075	0.0092	0.031	0.0143	0.0082	0.0523	0.0155	-0.0958	-0.0156	0.0013	-0.0038	0.0018	0.0176	-0.0003	0.0056	46.4438	111.7166	193.7323
2	0.7324	0.1581	0.1487	0.0816	-0.1495	0.7314	0.0407	-0.1861	0.037	0.0234	-0.0431	0.0075	-0.0307	-0.0619	0.0024	0.0261	-0.0327	0.0003	0.0718	-0.0073	0.0021	49.1175	99.7465	227.172
3	0.3625	0.1105	0.0296	0.4745	0.1275	0.2006	-0.0033	0.0107	-0.0981	0.0371	-0.0109	0.0574	0.1019	-0.0229	0.0142	0.0543	-0.0141	0.0072	0.017	-0.0004	0.0458	0.8155	82.3864	219.0536
4	0.6722	-0.3781	-0.0105	0.5028	0.0069	0.5737	0.0106	0.0459	-0.2846	-0.0747	0.0044	0.1304	0.1168	-0.077	-0.015	0.0452	-0.0265	-0.0016	0.0205	-0.0201	0.1241	16.3961	61.091	195.016
5	0.7325	0.1868	0.0119	0.7435	-0.1383	0.9248	0.0766	0.0472	0.0786	-0.1227	-0.0618	0.2654	-0.1049	-0.2634	-0.0149	0.0717	0.0847	-0.0462	0.1337	-0.0279	0.1154	7.8848	81.0304	141.0503
6	0.4019	-0.1845	0.09	0.4749	-0.0933	0.3361	0.0177	0.0572	0.1368	-0.0785	-0.0768	-0.0652	-0.0514	0.04	0.0591	0.067	0.0537	0.01	0.0714	0.0287	0.0619	38.123	98.3746	149.6728

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 409
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 1278
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 409
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	500
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 409
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	500
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 409
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	500
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	5 - 409
11	X-RAY DIFFRACTION	5	E	500
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	5 - 409
13	X-RAY DIFFRACTION	6	F	500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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