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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fsg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of alpha/beta superfamily hydrolase from Oenococcus oeni PSU-1 | ||||||
要素 | (Alpha/beta superfamily ...) x 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Alpha/beta superfamily hydrolase / PF00561 / MCSG / PSI / PSI-2 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | Alpha/beta hydrolase family / aminopeptidase activity / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Alpha/beta superfamily hydrolase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Oenococcus oeni (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Nocek, B. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of alpha/beta superfamily hydrolase from Oenococcus oeni PSU-1 著者: Nocek, B. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fsg.cif.gz | 236.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fsg.ent.gz | 203.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fsg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/3fsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/3fsg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
-要素
-Alpha/beta superfamily ... , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 31385.494 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oenococcus oeni (バクテリア) / 株: PSU-1 / 遺伝子: OEOE_1827 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04D10 #2: タンパク質 | | 分子量: 31369.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oenococcus oeni (バクテリア) / 株: PSU-1 / 遺伝子: OEOE_1827 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04D10 |
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-非ポリマー , 5種, 510分子
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THERE IS NO ELECTRON DENSITY EVIDENCE TO SUPPORT THE RESIDUE 35 IN CHAIN D AS ...AUTHORS STATE THAT THERE IS NO ELECTRON DENSITY EVIDENCE TO SUPPORT THE RESIDUE 35 IN CHAIN D AS OXIDIZED CYSTEINE, IN CONTRAST TO ITS EVIDENT PRESENCE IN CHAINS A,B,C. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M Ammonium sulfate, 10% Dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月20日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. all: 77704 / Num. obs: 77549 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.23 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3832 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.522 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.127 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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