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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fs8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of QdtC, the dTDP-3-amino-3,6-dideoxy-D-glucose N-acetyl transferase from Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum in complex with Acetyl-CoA | ||||||
![]() | QdtC | ||||||
![]() | TRANSFERASE / acetyltransferase / natural product / deoxysugar | ||||||
機能・相同性 | ![]() Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #30 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Other non-globular / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid ...Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #30 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Other non-globular / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Special / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holden, H.M. / Thoden, J.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Studies of QdtC: an N-Acetyltransferase Required for the Biosynthesis of dTDP-3-Acetamido-3,6-Dideoxy-alpha-D-Glucose. 著者: Thoden, J. / Cook, P. / Schaffer, C. / Messner, P. / Holden, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 868.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 881.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30816.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: E2701-71 / 遺伝子: qdtC / プラスミド: pET31 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 24% PEG 5000, 0.01M acetyl-CoA, 0.01M dTDP, 0.1M HEPES, 2% ethyleneglycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker AXS Platinum135 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月28日 / 詳細: Montel |
放射 | モノクロメーター: Ni-filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 59238 / Num. obs: 59238 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.064 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 8384 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 81.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
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