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- PDB-3frp: Crystal Structure of Cobra Venom Factor, a Co-factor for C3- and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3frp
タイトルCrystal Structure of Cobra Venom Factor, a Co-factor for C3- and C5 convertase CVFBb
要素
  • Cobra venom factor alpha chain
  • Cobra venom factor beta chain
  • Cobra venom factor gamma chain
キーワードHYDROLASE COFACTOR / Cobra Venom Factor / Naja Naja Kouthia / Complement C3 and C5 convertase CVFBb / Complement proteins / Complement alternate pathway / Complement pathway / Glycoprotein / Immune response / Inflammatory response / Innate immunity / Secreted / Thioester bond / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


complement activation / endopeptidase inhibitor activity / toxin activity / inflammatory response / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #20 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Immunoglobulin-like - #1940 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Macroglobulin (MG2) domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb ...ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #20 / N-terminal domain of TfIIb - #160 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases - #20 / Immunoglobulin-like - #1940 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain / Macroglobulin (MG2) domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / N-terminal domain of TfIIb / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / : / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Other non-globular / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Single Sheet / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobra venom factor
類似検索 - 構成要素
生物種Naja kaouthia (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Krishnan, V. / Narayana, S.V.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: The Crystal Structure of Cobra Venom Factor, a Cofactor for C3- and C5-Convertase CVFBb.
著者: Krishnan, V. / Ponnuraj, K. / Xu, Y. / Macon, K. / Volanakis, J.E. / Narayana, S.V.
履歴
登録2009年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cobra venom factor alpha chain
G: Cobra venom factor gamma chain
B: Cobra venom factor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,6674
ポリマ－141,6273
非ポリマー401
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14420 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area54510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.138, 151.141, 76.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cobra venom factor alpha chain / CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / ...CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / Cobra venom factor beta chain


分子量: 69581.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: Q91132
#2: タンパク質 Cobra venom factor gamma chain / CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / ...CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / Cobra venom factor beta chain


分子量: 28418.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: Q91132
#3: タンパク質 Cobra venom factor beta chain / CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / ...CVF / Complement C3 homolog / Cobra venom factor alpha chain / Cobra venom factor gamma chain / Cobra venom factor beta chain


分子量: 43626.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja kaouthia (コブラ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: Q91132
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 13% PEG 3350, 10 mM MES pH 6.8, 5 mM CaCl2, 200 mM NH4Cl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 43934 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 73.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A74

2a74


解像度: 2.61→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 14.645 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.912 / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29708 2221 5.1 %RANDOM
Rwork0.24799 ---
obs0.25053 41713 91.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.463 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.84 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9076 0 1 80 9157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0229270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.9612600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25151148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22824.675400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.299151574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3271542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5361.55783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01629398
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.31833487
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2374.53202
LS精密化 シェル解像度: 2.611→2.678 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 111 -
Rwork0.358 2201 -
obs--66.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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