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- PDB-3fq5: Crystal Structure of d(CACGCG).d(CGCGTG) with 10mM MnCl2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fq5
タイトルCrystal Structure of d(CACGCG).d(CGCGTG) with 10mM MnCl2
要素
  • 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3'
キーワードDNA / Double helix
機能・相同性: / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Venkadesh, S. / Kannan, R. / Mandal, P.K. / Gautham, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of d(CACGCG).d(CGCGTG) with 10mM MnCl2
著者: Venkadesh, S. / Mandal, P.K. / Gautham, N.
履歴
登録2009年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3496
ポリマ－7,2394
非ポリマー1102
水21612
1
A: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7294
ポリマ－3,6192
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area2320 Å2
手法PISA
2
C: 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6192
ポリマ－3,6192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area610 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area2410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.612, 31.257, 31.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 1794.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*G)-3'


分子量: 1825.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.99
詳細: 50mM Sodium Cacodylate buffer, 10mM MnCl2, 1mM Spermine, 50% MPD, pH 6.99, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Cacodylate11
2MnCl211
3Spermine11
4MPD11
5Sodium Cacodylate12
6MnCl212
7MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月15日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→15 Å / Num. all: 1241 / Num. obs: 1179 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.88 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.25 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 72 / Rsym value: 0.1149 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
AUTOMARデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→14.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 12.551 / SU ML: 0.248 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.388 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20162 61 5.2 %RANDOM
Rwork0.16485 ---
obs0.16692 1108 97.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.03 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.327 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 480 2 12 494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.021536
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.4563820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.02252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3410.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.214
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2940.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0210.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1223793
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8964.5820
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 1 -
Rwork0.295 77 -
obs-72 95.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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