PDB-3fq3: Crystal structure of inorganic phosphatase from brucella melitensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fq3

タイトル

Crystal structure of inorganic phosphatase from brucella melitensis

要素

Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / INORGANIC PHOSPHATASE / BRUCELLA MELITENSIS / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of inorganic phosphatase from brucella melitensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2009年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fq3.cif.gz	458.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fq3.ent.gz	372.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fq3_validation.pdf.gz	555 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fq3_full_validation.pdf.gz	581.8 KB	表示
XML形式データ	3fq3_validation.xml.gz	101.3 KB	表示
CIF形式データ	3fq3_validation.cif.gz	143.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/3fq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/3fq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d53S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	420 2eip-1 1mjw-1 5h4f-1 1igp-1 6ki7-1 1jfd-1 1mjx-1 6k27-2 3tr4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BrabA.00023.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

C: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

D: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

E: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

F: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

G: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

H: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

I: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

J: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

K: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

L: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

268 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

C: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

D: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

E: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

F: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

H: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

I: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

J: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

K: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

L: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

C: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

E: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
67 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

D: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

F: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
67 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

H: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

J: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

L: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
66.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

G: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

I: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

K: Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
66.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.830, 157.830, 106.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	1 - 175
2	1	1	6	B	1 - 175
3	1	1	6	C	1 - 175
4	1	1	6	D	1 - 175
5	1	1	6	E	1 - 175
6	1	1	6	F	1 - 175
7	1	1	6	G	1 - 175
8	1	1	6	H	1 - 175
9	1	1	6	I	1 - 175
10	1	1	6	J	1 - 175
11	1	1	6	K	1 - 175
12	1	1	6	L	1 - 175

詳細

BIOLOGICAL UNIT IS A HEXAMER FORMED BY SUBUNITS A-F AND G-L.

#1: タンパク質	Inorganic pyrophosphatase:Bacterial/Archaeal inorganic pyrophosphatase 分子量: 22136.264 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌) 株: BIOVAR ABORTUS 2308 / 遺伝子: ppa, BAB1_1993 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YR76, inorganic diphosphatase
#2: 化合物	... ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2053 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: HAMPTON SALT RX SCREEN E9: 1.8M K2HPO4/NAH2PO4 PH 6.9, PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 290K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 204887 / Num. obs: 204646 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.95 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 22.57
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 15077 / R_sym value: 0.475 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0070	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3d53 as hexamer, sidechains trimmed with chainsaw

3d53

解像度: 1.9→19.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 2.851 / SU ML: 0.085 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209	10354	5.1 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.169	204605	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16227	0	105	2053	18385

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	16826
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.637	1.978	22998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.949	3	27558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.03	5	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.849	24.407	742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.381	15	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.324	15	89
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	18656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.05	1.5	10475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.286	1.5	4146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.862	2	17109
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.81	3	6351
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.541	4.5	5873
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2115 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.47	5
2	B	loose positional	0.49	5
3	C	loose positional	0.51	5
4	D	loose positional	0.49	5
5	E	loose positional	0.46	5
6	F	loose positional	0.48	5
7	G	loose positional	0.47	5
8	H	loose positional	0.48	5
9	I	loose positional	0.43	5
10	J	loose positional	0.48	5
11	K	loose positional	0.38	5
12	L	loose positional	0.39	5
1	A	loose thermal	3.71	10
2	B	loose thermal	3.48	10
3	C	loose thermal	3.85	10
4	D	loose thermal	2.6	10
5	E	loose thermal	2.24	10
6	F	loose thermal	3.3	10
7	G	loose thermal	6.26	10
8	H	loose thermal	3.99	10
9	I	loose thermal	6.44	10
10	J	loose thermal	3.3	10
11	K	loose thermal	2.69	10
12	L	loose thermal	2.77	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	750	-
R_work	0.207	14189	-
obs	-	-	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)