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- PDB-3fpt: The Crystal Structure of the Complex between Evasin-1 and CCL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fpt
タイトルThe Crystal Structure of the Complex between Evasin-1 and CCL3
要素Evasin-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / novel fold / glycosylated protein / Glycoprotein / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chemokine activity / chemokine binding / C-C chemokine binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 - #100 / Evasins Class A / Evasins Class A / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rhipicephalus sanguineus (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shaw, J.P. / Dias, J.M.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Structural basis of chemokine sequestration by a tick chemokine binding protein: the crystal structure of the complex between Evasin-1 and CCL3
著者: Dias, J.M. / Losberger, C. / Deruaz, M. / Power, C.A. / Proudfoot, A.E.I. / Shaw, J.P.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Molecular cloning and characterization of a highly selective chemokine-binding protein from the tick Rhipicephalus sanguineus.
著者: Frauenschuh, A. / Power, C.A. / Deruaz, M. / Ferreira, B.R. / Silva, J.S. / Teixeira, M.M. / Dias, J.M. / Martin, T. / Wells, T.N.C. / Proudfoot, A.E.I.
#2: ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2008
タイトル: Ticks produce highly selective chemokine binding proteins with antiinflammatory activity
著者: Deruaz, M. / Frauenschuh, A. / Alessandri, A.L. / Dias, J.M. / Coelho, F.M. / Russo, R.C. / Ferreira, B.R. / Graham, G.J. / Shaw, J.P. / Wells, T.N.C. / Teixeira, M.M. / Power, C.A. / Proudfoot, A.E.I.
履歴
登録2009年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Evasin-1
B: Evasin-1
C: Evasin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2479
ポリマ－33,9193
非ポリマー1,3276
水50428
1
A: Evasin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7493
ポリマ－11,3061
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Evasin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5282
ポリマ－11,3061
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Evasin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9704
ポリマ－11,3061
非ポリマー6643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.704, 70.491, 103.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Evasin-1


分子量: 11306.446 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus sanguineus (ダニ) / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P0C8E7
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23% (w/v) PEG 4000, 300mM Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月8日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→58 Å / Num. all: 26472 / Num. obs: 26472 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 0.152
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3fpr

3fpr


解像度: 2.7→32.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 11.315 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30521 717 5 %RANDOM
Rwork0.22605 ---
obs0.23005 13520 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→32.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1895 0 84 28 2007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0450.0222039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.0492.0122780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.7865246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.82124.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.87715303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.2891515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2380.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3110.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3580.21394
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3320.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0341.51293
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.48521990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0973880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7064.5790
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 56 -
Rwork0.361 959 -
obs--98.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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