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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fpt | |||||||||
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タイトル | The Crystal Structure of the Complex between Evasin-1 and CCL3 | |||||||||
要素 | Evasin-1 | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / novel fold / glycosylated protein / Glycoprotein / Secreted | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of chemokine activity / chemokine binding / C-C chemokine binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rhipicephalus sanguineus (ダニ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Shaw, J.P. / Dias, J.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2009 タイトル: Structural basis of chemokine sequestration by a tick chemokine binding protein: the crystal structure of the complex between Evasin-1 and CCL3 著者: Dias, J.M. / Losberger, C. / Deruaz, M. / Power, C.A. / Proudfoot, A.E.I. / Shaw, J.P. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: Molecular cloning and characterization of a highly selective chemokine-binding protein from the tick Rhipicephalus sanguineus. 著者: Frauenschuh, A. / Power, C.A. / Deruaz, M. / Ferreira, B.R. / Silva, J.S. / Teixeira, M.M. / Dias, J.M. / Martin, T. / Wells, T.N.C. / Proudfoot, A.E.I. #2: ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2008 タイトル: Ticks produce highly selective chemokine binding proteins with antiinflammatory activity 著者: Deruaz, M. / Frauenschuh, A. / Alessandri, A.L. / Dias, J.M. / Coelho, F.M. / Russo, R.C. / Ferreira, B.R. / Graham, G.J. / Shaw, J.P. / Wells, T.N.C. / Teixeira, M.M. / Power, C.A. / Proudfoot, A.E.I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fpt.cif.gz | 66 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fpt.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fpt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fpt_validation.pdf.gz | 477.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3fpt_full_validation.pdf.gz | 513.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3fpt_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fpt_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/3fpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/3fpt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11306.446 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus sanguineus (ダニ) / プラスミド: pFASTBAC 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P0C8E7 #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.81 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 23% (w/v) PEG 4000, 300mM Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月8日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→58 Å / Num. all: 26472 / Num. obs: 26472 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 0.152 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3fpr 解像度: 2.7→32.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 11.315 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→32.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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