[日本語] English
万見
- PDB-3fpp: Crystal structure of E.coli MacA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fpp
タイトルCrystal structure of E.coli MacA
要素Macrolide-specific efflux protein macA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Hexameric assembly / membrane fusion protein / drug efflux pump / periplasmic protein / Antibiotic resistance / Cell inner membrane / Cell membrane / Membrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


MacAB-TolC complex / efflux pump complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / extrinsic component of membrane / efflux transmembrane transporter activity / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1990 / Macrolide export protein MacA / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Helix Hairpins / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Helix non-globular ...Helix Hairpins - #1990 / Macrolide export protein MacA / Efflux pump adaptor protein, beta barrel domain / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Helix Hairpins / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Helix non-globular / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrolide export protein MacA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Yum, S. / Xu, Y. / Piao, S. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the periplasmic component of a tripartite macrolide-specific efflux pump
著者: Yum, S. / Xu, Y. / Piao, S. / Sim, S.-H. / Kim, H.-M. / Jo, W.-S. / Kim, K.-J. / Kweon, H.-S. / Jeong, M.-H. / Jeon, H. / Lee, K. / Ha, N.-C.
履歴
登録2009年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Macrolide-specific efflux protein macA
B: Macrolide-specific efflux protein macA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3742
ポリマ－74,3742
非ポリマー00
水00
1
A: Macrolide-specific efflux protein macA
B: Macrolide-specific efflux protein macA

A: Macrolide-specific efflux protein macA
B: Macrolide-specific efflux protein macA

A: Macrolide-specific efflux protein macA
B: Macrolide-specific efflux protein macA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,1236
ポリマ－223,1236
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area23130 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area78300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.517, 128.517, 110.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質 Macrolide-specific efflux protein macA


分子量: 37187.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: macA / プラスミド: pPROEXHTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P75830
配列の詳細THESE RESIDUES DERIVE FROM A VARIANT OF E.COLI K12 STRAIN.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.21 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月5日 / 詳細: double mirrors
放射モノクロメーター: double mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. all: 21498 / Num. obs: 19873 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 0.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.99→3.11 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1778 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 84.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The unrefined structure of Actinobacillus actinomycetemcomitans MacA

解像度: 2.99→49.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 90818.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.349 1950 9.8 %RANDOM
Rwork0.283 ---
all0.293 19873 --
obs0.283 18206 92 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.0961 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å20 Å20 Å2
2--2.36 Å20 Å2
3----4.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.62 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.85 Å0.67 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4097 0 0 0 4097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る