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- PDB-3fpc: Chimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fpc
タイトルChimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor binding domain res 153-294 of T. brockii ADH by E. histolytica ADH
要素NADP-dependent alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxydoreductase / bacterial alcohol dehydrogenase / domain exchange / chimera / Metal-binding / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / IMIDAZOLE / NITRATE ION / OXYGEN MOLECULE / NADP-dependent isopropanol dehydrogenase / NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter brockii (バクテリア)
Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Felix, F. / Goihberg, E. / Shimon, L. / Burstein, Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Biochemical and structural properties of chimeras constructed by exchange of cofactor-binding domains in alcohol dehydrogenases from thermophilic and mesophilic microorganisms
著者: Goihberg, E. / Peretz, M. / Tel-Or, S. / Dym, O. / Shimon, L. / Frolow, F. / Burstein, Y.
履歴
登録2009年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
B: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
C: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
D: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,17032
ポリマ－152,2204
非ポリマー1,95028
水35,8141988
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20640 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area43380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.742, 82.429, 118.249
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
NADP-dependent alcohol dehydrogenase


分子量: 38055.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 153-294 inserted from alcohol dehydrogenase of ENTAMOEBA HISTOLOTICA
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter brockii (バクテリア), (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: ADH1, ADH1 / プラスミド: BS-P58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG-I
参照: UniProt: P14941, UniProt: P35630, alcohol dehydrogenase (NADP+)

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非ポリマー , 8種, 2016分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#7: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1988 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 % / Mosaicity: 0.269 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8mg/mL protein [25mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 0.1mM DTT, 50mM ZnCl2 (pH=7.5)] was mixed with 0.001 ml of reservoir solution [16% (w/v) PEG 8000, 200mM magnesium acetate tetrahydrate, 100mM ...詳細: 8mg/mL protein [25mM Tris-HCl, 50mM NaCl, 0.1mM DTT, 50mM ZnCl2 (pH=7.5)] was mixed with 0.001 ml of reservoir solution [16% (w/v) PEG 8000, 200mM magnesium acetate tetrahydrate, 100mM Cacodylate buffer (pH 6.5)], vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 294442 / Num. obs: 294442 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.656 / Net I/σ(I): 20.143
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 13706 / Χ2: 1.27 / % possible all: 93

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.409 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.552
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å48.77 Å
Translation4 Å48.77 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ProDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KEV

1kev


解像度: 1.4→48.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.154 / WRfactor Rwork: 0.116 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.93 / SU B: 1.708 / SU ML: 0.03 / SU R Cruickshank DPI: 0.048 / SU Rfree: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.155 14820 5.1 %RANDOM
Rwork0.116 ---
all0.118 283136 --
obs0.118 293136 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 498.96 Å2 / Biso mean: 15.204 Å2 / Biso min: 2.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å2-0.5 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→48.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10675 0 97 1988 12760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02211332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.9615343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.991319046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.61851494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.02123.996468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.914151941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.241559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.22317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.28673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.25431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.25914
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.21575
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1120.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.40537109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.26932972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.311511468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.38774314
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.226103841
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.784319731
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.79531996
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.41318838
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.437 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 940 -
Rwork0.221 19107 -
all-20047 -
obs--92.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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