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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fok | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cgl0159 From Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum). Northeast Structural Genomics Target CgR115 | ||||||
![]() | uncharacterized protein Cgl0159 | ||||||
![]() | structural genomics / unknown function / Cgl0159 / Brevibacterium flavum. / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | catalytic activity / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seetharaman, J. / Neely, H. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. ...Seetharaman, J. / Neely, H. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Cgl0159 From Corynebacterium glutamicum (Brevibacterium flavum). Northeast Structural Genomics Target CgR115 著者: Seetharaman, J. / Neely, H. / Wang, H. / Janjua, H. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 548.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 474 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 516 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 635.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 117.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 156.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | pentamer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33617.855 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Cgl0159, cg0198 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2M NH4CL, 10% PEG 3350, , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 256002 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 27.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Num. unique all: 25191 / % possible all: 96.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.0521 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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