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- PDB-3fo3: Structure of the Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c ni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fo3
タイトルStructure of the Thioalkalivibrio nitratireducens cytochrome c nitrite reductase reduced by sodium dithionite (sulfite complex)
要素Eight-heme nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha protein / eight hemes c
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium ion metabolic process / nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / anaerobic electron transport chain / nitrate assimilation / outer membrane-bounded periplasmic space / calcium ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3080 / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #3080 / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Multiheme cytochrome superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HEME C / Chem-PG6 / SULFITE ION / THIOSULFATE / Cytochrome c-552 / Cytochrome c-552
類似検索 - 構成要素
生物種Thioalkalivibrio nitratireducens (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Trofimov, A.A. / Polyakov, K.M. / Boyko, K.M. / Slutsky, A. / Tikhonova, T.V. / Antipov, A.N. / Zvyagilskaya, R.A. / Popov, A.N. / Lamzin, V.S. / Bourenkov, G.P. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structures of complexes of octahaem cytochrome c nitrite reductase from Thioalkalivibrio nitratireducens with sulfite and cyanide
著者: Trofimov, A.A. / Polyakov, K.M. / Boyko, K.M. / Tikhonova, T.V. / Safonova, T.N. / Tikhonov, A.V. / Popov, A.N. / Popov, V.O.
履歴
登録2008年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,35261
ポリマ－118,9832
非ポリマー16,36959
水24,9511385
1
A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Eight-heme nitrite reductase
B: Eight-heme nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,056183
ポリマ－356,9486
非ポリマー49,108177
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
Buried area115360 Å2
ΔGint-1236 kcal/mol
Surface area92710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.790, 193.790, 193.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-530-

THJ

21A-530-

THJ

31A-531-

NA

41A-533-

TRS

51B-530-

THJ

61B-530-

THJ

71B-531-

NA

81B-533-

TRS

91B-533-

TRS

101A-590-

HOH

111B-590-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Eight-heme nitrite reductase


分子量: 59491.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thioalkalivibrio nitratireducens (紅色硫黄細菌)
株: ALEN 2 / 参照: UniProt: Q5F2I3, UniProt: L0DSL2*PLUS

-
非ポリマー , 11種, 1444分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-THJ / THIOSULFATE


分子量: 112.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#9: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.46 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: Protein solution (5mcl): 14.5mg/ml TvNiR, 0.005M Tris borate (pH8.7). Reservoir solution (5mcl): 0.2M tri-sodium citrate dihydrate, 0.1M Tris hydrochloride (pH8.5), 30% v/v PEG400, VAPOR ...詳細: Protein solution (5mcl): 14.5mg/ml TvNiR, 0.005M Tris borate (pH8.7). Reservoir solution (5mcl): 0.2M tri-sodium citrate dihydrate, 0.1M Tris hydrochloride (pH8.5), 30% v/v PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.843 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月5日
放射モノクロメーター: Si(111), horizontally focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.843 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→12 Å / Num. all: 469642 / Num. obs: 468027 / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OT4

2ot4


解像度: 1.4→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.988 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13946 23479 5 %RANDOM
Rwork0.12595 ---
obs0.12663 443992 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.514 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.141 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8217 0 922 1385 10524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0219651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5582.15513132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.973313610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95451041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2723.823463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.076151397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2131564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0210624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.22899
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.27200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2070.24994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1120.24719
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.2951
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1160.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3270.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.150.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2321.55211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7081.52067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82128380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44534866
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3584.54750
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.385316296
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.64131392
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.834314920
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 1754 -
Rwork0.16 32925 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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