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- PDB-3fmt: Crystal structure of SeqA bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fmt
タイトルCrystal structure of SeqA bound to DNA
要素
  • 5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*(6MA)P*TP*CP*CP*TP*TP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3'
  • Protein seqA
キーワードREPLICATION INHIBITOR/DNA / protein-DNA complex / hemimethylated GATC / DNA replication / sequestration / DNA replication inhibitor / DNA-binding / REPLICATION INHIBITOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


SeqA-DNA complex / nucleoid organization / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / sister chromatid cohesion / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / response to radiation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity ...SeqA-DNA complex / nucleoid organization / double-stranded methylated DNA binding / hemi-methylated DNA-binding / sister chromatid cohesion / DNA replication origin binding / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / response to radiation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA, N-terminal / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain superfamily / SeqA protein C-terminal domain / SeqA protein N-terminal domain / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant ...Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain / Negative modulator of initiation of replication SeqA, N-terminal / Replication modulator SeqA, C-terminal DNA-binding domain superfamily / SeqA protein C-terminal domain / SeqA protein N-terminal domain / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Negative modulator of initiation of replication
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.983 Å
データ登録者Chung, Y.S. / Brendler, T. / Austin, S. / Guarne, A.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Structural insights into the cooperative binding of SeqA to a tandem GATC repeat
著者: Chung, Y.S. / Brendler, T. / Austin, S. / Guarne, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of SeqA bound to a pair of hemimethylated GATC sites
著者: Chung, Y.S. / Guarne, A.
履歴
登録2008年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein seqA
B: Protein seqA
C: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*(6MA)P*TP*CP*CP*TP*TP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3'
E: Protein seqA
F: Protein seqA
G: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*(6MA)P*TP*CP*CP*TP*TP*A)-3'
H: 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,70612
ポリマ－101,2338
非ポリマー4734
水55831
1
A: Protein seqA
B: Protein seqA
C: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*(6MA)P*TP*CP*CP*TP*TP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8536
ポリマ－50,6174
非ポリマー2362
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10620 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22040 Å2
手法PISA
2
E: Protein seqA
F: Protein seqA
G: 5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*(6MA)P*TP*CP*CP*TP*TP*A)-3'
H: 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8536
ポリマ－50,6174
非ポリマー2362
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10610 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area22060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.839, 121.839, 279.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain B resid 1:162
211chain F resid 1:162
112chain A resid 1:162
212chain E resid 1:162
113chain D resid 1:22
213chain H resid 1:22
114chain C resid 1:22
214chain G resid 1:22

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質
Protein seqA


分子量: 18541.377 Da / 分子数: 4 / 断片: SeqAdelta(41-59) / 変異: A25R, deletion 41-59 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SeqA with a point mutation A25R and linker deletion (residues 41-59)
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0687, JW0674, seqA / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AFY8
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*(6MA)P*TP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*(6MA)P*TP*CP*CP*TP*TP*A)-3'


分子量: 6836.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: methylated oligonucleotide
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*C)-3'


分子量: 6697.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: unmethylated oligonucleotide
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 18% MPD, 0.4 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2ammonium acetate11
3sodium citrate11
4MPD12
5ammonium acetate12
6sodium citrate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→35.17 Å / Num. all: 30853 / Num. obs: 30745 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 76.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.98→3.11 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LRR and 1XRX

1lrr

1xrx


解像度: 2.983→35.172 Å / SU ML: 1.83 / Isotropic thermal model: group / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 1533 5.06 %
Rwork0.2181 --
obs0.2194 30285 96.33 %
all-30853 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.555 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.983→35.172 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5142 1758 0 63 6963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87710104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7613088
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003976
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1274X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12F1274X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
21A1297X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22E1297X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
31D425X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32H425X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
41C454X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42G454X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9832-3.07950.37451040.31621847X-RAY DIFFRACTION69
3.0795-3.18950.26391380.30882482X-RAY DIFFRACTION92
3.1895-3.31710.30811560.25722725X-RAY DIFFRACTION99
3.3171-3.46790.31711370.25082708X-RAY DIFFRACTION100
3.4679-3.65060.28391210.23282750X-RAY DIFFRACTION100
3.6506-3.8790.23731530.22682670X-RAY DIFFRACTION100
3.879-4.17810.22961600.20212714X-RAY DIFFRACTION100
4.1781-4.59770.18741280.18572706X-RAY DIFFRACTION100
4.5977-5.26110.23181360.18712761X-RAY DIFFRACTION100
5.2611-6.62120.23561580.20972677X-RAY DIFFRACTION100
6.6212-35.17430.17951420.16742712X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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