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- PDB-3fmg: Structure of rotavirus outer capsid protein VP7 trimer in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fmg
タイトルStructure of rotavirus outer capsid protein VP7 trimer in complex with a neutralizing Fab
要素
  • Fab of neutralizing antibody 4F8, heavy chain
  • Fab of neutralizing antibody 4F8, light chain
  • Glycoprotein VP7
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody-antigen complex / calcium dependent trimer / antiparallel beta-sandwich / jelly roll / alpha-beta-alpha sandwich / Rossmann fold / Capsid protein / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Membrane / Transmembrane / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / viral outer capsid / receptor-mediated virion attachment to host cell / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich ...Rotavirus outer-layer protein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid glycoprotein VP7
類似検索 - 構成要素
生物種Simian rotavirus (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Aoki, S.T. / Settembre, E.C. / Trask, S.D. / Greenberg, H.B. / Harrison, S.C. / Dormitzer, P.R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structure of rotavirus outer-layer protein VP7 bound with a neutralizing Fab.
著者: Aoki, S.T. / Settembre, E.C. / Trask, S.D. / Greenberg, H.B. / Harrison, S.C. / Dormitzer, P.R.
履歴
登録2008年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab of neutralizing antibody 4F8, light chain
H: Fab of neutralizing antibody 4F8, heavy chain
A: Glycoprotein VP7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2825
ポリマ－78,2023
非ポリマー802
水00
1
L: Fab of neutralizing antibody 4F8, light chain
H: Fab of neutralizing antibody 4F8, heavy chain
A: Glycoprotein VP7
ヘテロ分子

L: Fab of neutralizing antibody 4F8, light chain
H: Fab of neutralizing antibody 4F8, heavy chain
A: Glycoprotein VP7
ヘテロ分子

L: Fab of neutralizing antibody 4F8, light chain
H: Fab of neutralizing antibody 4F8, heavy chain
A: Glycoprotein VP7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,84515
ポリマ－234,6059
非ポリマー2406
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
単位格子
Length a, b, c (Å)244.179, 244.179, 244.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: 抗体 Fab of neutralizing antibody 4F8, light chain


分子量: 23252.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab of neutralizing antibody 4F8, heavy chain


分子量: 23716.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Glycoprotein VP7 / Serotype-specific antigen / Outer capsid glycoprotein


分子量: 31232.234 Da / 分子数: 1 / Fragment: trimer subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian rotavirus (ウイルス) / 株: RRV / 遺伝子: S9, VP7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P12476
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY
配列の詳細A171T AND N324Y ARE NATURAL VARIANTS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM Na citrate, 5% PEG 4K, 200 mM NaCl, 0.1 mM CaCl2, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2007年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 34017 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 2.483 / Num. unique all: 3376 / Rsym value: 0.717 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1dbm

1dbm


解像度: 3.4→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2377 3167 -
Rwork0.2236 --
all-31889 -
obs-28722 82.8 %
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.8 Å0.77 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5164 0 2 0 5166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONdihedral angles (degrees)27
X-RAY DIFFRACTIONimproper angles (degrees)1.58
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 492 -
Rwork0.347 --
obs-4332 85.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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