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- PDB-3fme: Crystal Structure of Human Mitogen-Activated Protein Kinase Kinas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fme
タイトルCrystal Structure of Human Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase 6 (MEK6) Activated Mutant (S207D, T211D)
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
キーワードTRANSFERASE / kinase / active mutant / structural genomics consortium / SCG / SGC / ATP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sorbitol / ovulation cycle process / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / JUN kinase kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / positive regulation of prostaglandin secretion / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Myogenesis / PI5P Regulates TP53 Acetylation ...cellular response to sorbitol / ovulation cycle process / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / JUN kinase kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / positive regulation of prostaglandin secretion / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Myogenesis / PI5P Regulates TP53 Acetylation / p38MAPK cascade / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / signal transduction in response to DNA damage / stress-activated MAPK cascade / cardiac muscle contraction / regulation of signal transduction by p53 class mediator / response to ischemia / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / PKR-mediated signaling / bone development / Interleukin-1 signaling / osteoblast differentiation / cellular senescence / MAPK cascade / protein tyrosine kinase activity / Oxidative Stress Induced Senescence / cytoskeleton / positive regulation of MAPK cascade / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
STAUROSPORINE / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Barr, A. / Pike, A.C.W. / Berridge, G. / Elkins, J. / Fedorov, O. / Keates, T. / Savitsky, P. / Soundararajan, M. / von Delft, F. ...Filippakopoulos, P. / Barr, A. / Pike, A.C.W. / Berridge, G. / Elkins, J. / Fedorov, O. / Keates, T. / Savitsky, P. / Soundararajan, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Mitogen-Activated Protein Kinase Kinase 6 (MEK6) Activated Mutant (S207D, T211D)
著者: Filippakopoulos, P. / Barr, A. / Pike, A.C.W. / Berridge, G. / Elkins, J. / Fedorov, O. / Keates, T. / Savitsky, P. / Soundararajan, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / ...著者: Filippakopoulos, P. / Barr, A. / Pike, A.C.W. / Berridge, G. / Elkins, J. / Fedorov, O. / Keates, T. / Savitsky, P. / Soundararajan, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S.
履歴
登録2008年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2162
ポリマ－32,7501
非ポリマー4671
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.756, 132.756, 45.719
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細analytical ultracentrifugation (AUC) velocity experiments show that the protein is dimeric in solution.

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 / MAP kinase kinase 6 / MAPKK 6 / MAPK/ERK kinase 6 / SAPKK3


分子量: 32749.885 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 47-334, Protein kinase domain / 変異: S207D, T211D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K6, MEK6, MKK6, PRKMK6 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3
参照: UniProt: P52564, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.05M Mg(COO)2 10w/v PEG_3350, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→38.32 Å / Num. all: 21933 / Num. obs: 21933 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 52.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.26→2.38 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.812 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3180 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53.96 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.66 Å
Translation2.5 Å37.66 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.2データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2DYL, 3EQB, 1S9J

2dyl

3eqb

1s9j


解像度: 2.26→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.287 / WRfactor Rwork: 0.282 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.845 / SU B: 11.741 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.245 / SU Rfree: 0.198 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1096 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.213 21918 --
obs0.213 21907 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.24 Å2 / Biso mean: 43.869 Å2 / Biso min: 7.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.69 Å20.84 Å20 Å2
2--1.69 Å20 Å2
3----2.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2015 0 35 47 2097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222097
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3082.0042853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8883.0023406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2165264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32724.875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.10915347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.726157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.12631338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5613533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5752144
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7667759
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.87711709
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.319 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 60 -
Rwork0.244 1524 -
all-1584 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0897-0.6923-5.3772.7103-0.7698.7076-0.2727-0.9737-1.46660.00090.39440.22451.0788-1.1124-0.12180.4022-0.17030.08930.86010.21820.83723.99548.33415.753
24.4149-0.2041.41053.24060.89275.3666-0.1338-0.1180.03840.0905-0.09280.4921-0.3908-0.45640.22660.0480.2231-0.02580.12880.0022-0.084621.22266.3696.232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A46 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2A129 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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