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- PDB-3fip: Crystal structure of Usher PapC translocation pore -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fip
タイトルCrystal structure of Usher PapC translocation pore
要素Outer membrane usher protein papC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta barrel / protein translocase / Cell membrane / Cell outer membrane / Fimbrium / Membrane / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


fimbrial usher porin activity / pilus assembly / cell outer membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Outer membrane usher protein / Fimbrial membrane usher, conserved site / PapC, N-terminal domain / PapC, N-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein FimD, plug domain / PapC-like, C-terminal domain superfamily / Outer membrane usher protein / PapC C-terminal domain / PapC N-terminal domain / Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein signature. / PapC-like, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane usher protein PapC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.154 Å
データ登録者Huang, Y. / Deisenhofer, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Insights into pilus assembly and secretion from the structure and functional characterization of usher PapC.
著者: Huang, Y. / Smith, B.S. / Chen, L.X. / Baxter, R.H. / Deisenhofer, J.
履歴
登録2008年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月28日Group: Derived calculations
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane usher protein papC
B: Outer membrane usher protein papC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7222
ポリマ－109,7222
非ポリマー00
水00
1
A: Outer membrane usher protein papC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8611
ポリマ－54,8611
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Outer membrane usher protein papC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8611
ポリマ－54,8611
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.036, 120.036, 354.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane usher protein papC


分子量: 54861.133 Da / 分子数: 2 / 断片: PapC translocation core / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: with C-terminal His tag / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: Escherichia coli Enterobacteriaceae, papC / プラスミド: pBAD-PAPC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): sf120 strain / 参照: UniProt: P07110

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.9
詳細: 3.3M NaCl, 0.06%LDAO, 4% 2,5 hexanidiol, 20mM Tris, pH 4.9, EVAPORATION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 41032 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 90.2 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 34.8
反射 シェル最高解像度: 3.15 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.546

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SnB位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.154→49.679 Å / SU ML: 0.86 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 38.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 2110 5.15 %
Rwork0.2853 --
obs0.289 41007 96.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 79.584 Å2 / ksol: 0.294 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.9538 Å20 Å20 Å2
2--12.9538 Å20 Å2
3----25.9076 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.154→49.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6295 0 0 0 6295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.378639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0652166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088944
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1544-3.22780.38951290.32771968X-RAY DIFFRACTION75
3.2278-3.30850.39091540.33462357X-RAY DIFFRACTION88
3.3085-3.39790.46981360.31122552X-RAY DIFFRACTION95
3.3979-3.49790.39551330.30772636X-RAY DIFFRACTION98
3.4979-3.61080.39031120.29622744X-RAY DIFFRACTION99
3.6108-3.73980.41821560.32382658X-RAY DIFFRACTION100
3.7398-3.88940.4391330.31822674X-RAY DIFFRACTION100
3.8894-4.06640.36221660.27772669X-RAY DIFFRACTION100
4.0664-4.28070.30311520.24892670X-RAY DIFFRACTION100
4.2807-4.54870.33181590.21792697X-RAY DIFFRACTION100
4.5487-4.89960.26861430.20612672X-RAY DIFFRACTION99
4.8996-5.39210.34851430.24232665X-RAY DIFFRACTION100
5.3921-6.17110.37871420.28972678X-RAY DIFFRACTION100
6.1711-7.77020.34381160.29592715X-RAY DIFFRACTION99
7.7702-49.68550.3541360.30442542X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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