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- PDB-3fhq: Structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fhq
タイトルStructure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase A
要素Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
キーワードHYDROLASE / Endo-A / glycoprotein / Man3GlcNAc-thiazoline / GlcNAc-Asn / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 85 / Cytosolic endo-beta-N-acetylglucosaminidase / : / Glycosyl hydrolase family 85 / GH85 endohexosaminidases, C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Glycosidases / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Glycoside hydrolase, family 85 / Cytosolic endo-beta-N-acetylglucosaminidase / : / Glycosyl hydrolase family 85 / GH85 endohexosaminidases, C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Glycosidases / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NGT / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter protophormiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.452 Å
データ登録者Jie, Y. / Li, L. / Shaw, N. / Li, Y. / Song, J. / Zhang, W. / Xia, C. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Zhang, H.-C. ...Jie, Y. / Li, L. / Shaw, N. / Li, Y. / Song, J. / Zhang, W. / Xia, C. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Zhang, H.-C. / Wang, L.-X. / Wang, P. / Liu, Z.-J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Structural basis and catalytic mechanism for the dual functional endo-beta-N-acetylglucosaminidase A
著者: Yin, J. / Li, L. / Shaw, N. / Li, Y. / Song, J.K. / Zhang, W. / Xia, C. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Zhang, H.-C. / Wang, L.X. / Liu, Z.-J. / Wang, P.
履歴
登録2008年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月16日Group: Refinement description
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
B: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
D: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
F: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,57412
ポリマ－278,6804
非ポリマー2,8958
水15,079837
1
A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
B: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,7876
ポリマ－139,3402
非ポリマー1,4474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
F: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,7876
ポリマ－139,3402
非ポリマー1,4474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.328, 79.265, 117.043
Angle α, β, γ (deg.)80.51, 83.84, 64.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Endo-beta-N-acetylglucosaminidase / endo-beta-N-acetylglucosaminidase A


分子量: 69669.883 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-645 / 変異: N43D, G455D, I518T, L583I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter protophormiae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZB22, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase
#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-NGT / 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL / NAG-チアゾリン


分子量: 219.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13NO4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 14% (w/v) PEG 8000, 160mM calcium acetate, 20% (v/v) glycerol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月15日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 90154 / Num. obs: 86368 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FHA

3fha


解像度: 2.452→35.409 Å / Rfactor Rfree error: 28.35 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2637 4330 5.02 %RANDOM
Rwork0.2206 ---
all0.2228 ---
obs0.2228 86282 94.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.103 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 106.99 Å2 / Biso mean: 36.297 Å2 / Biso min: 14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.617 Å2-1.699 Å21.002 Å2
2---4.953 Å22.45 Å2
3----0.688 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.452→35.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19020 0 188 837 20045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02419498
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.57326631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0792698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1526837
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4524-2.48020.3107540.26971054X-RAY DIFFRACTION36
2.4802-2.50940.28981280.25082697X-RAY DIFFRACTION94
2.5094-2.540.3051510.24892801X-RAY DIFFRACTION95
2.54-2.57220.34051350.25162721X-RAY DIFFRACTION96
2.5722-2.6060.3221610.24892822X-RAY DIFFRACTION96
2.606-2.64170.30191370.23952778X-RAY DIFFRACTION96
2.6417-2.67940.31921650.23912785X-RAY DIFFRACTION96
2.6794-2.71940.28611510.2342825X-RAY DIFFRACTION97
2.7194-2.76190.27841430.22952793X-RAY DIFFRACTION97
2.7619-2.80710.30191400.23332872X-RAY DIFFRACTION97
2.8071-2.85550.30651710.23762759X-RAY DIFFRACTION97
2.8555-2.90740.29151530.23242847X-RAY DIFFRACTION97
2.9074-2.96330.28741410.23442787X-RAY DIFFRACTION97
2.9633-3.02380.29311670.23282803X-RAY DIFFRACTION97
3.0238-3.08950.31331360.24252828X-RAY DIFFRACTION97
3.0895-3.16130.31041240.23752846X-RAY DIFFRACTION97
3.1613-3.24030.28391510.21472800X-RAY DIFFRACTION97
3.2403-3.32790.25481670.21262778X-RAY DIFFRACTION97
3.3279-3.42570.2341390.21512861X-RAY DIFFRACTION97
3.4257-3.53620.2761370.20622789X-RAY DIFFRACTION97
3.5362-3.66240.24541500.19842790X-RAY DIFFRACTION97
3.6624-3.80890.23311390.18992817X-RAY DIFFRACTION96
3.8089-3.9820.23941540.20312782X-RAY DIFFRACTION96
3.982-4.19170.2261770.18722781X-RAY DIFFRACTION97
4.1917-4.45380.2211600.17632773X-RAY DIFFRACTION96
4.4538-4.79690.20991650.17842767X-RAY DIFFRACTION96
4.7969-5.27830.2121270.18862787X-RAY DIFFRACTION95
5.2783-6.03880.21571300.21242800X-RAY DIFFRACTION96
6.0388-7.59580.23951280.21932646X-RAY DIFFRACTION92
7.5958-35.41310.25831490.24722763X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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