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- PDB-3fgv: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS MONOOXYGE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fgv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS MONOOXYGENASE (SPO2313) FROM SILICIBACTER POMEROYI DSS-3 AT 1.30 A RESOLUTION
要素uncharacterized protein with ferredoxin-like fold
キーワードOXIDOREDUCTASE / PHOSPHOSERINE AMINOTRANSFERASE SERC / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Unknown ligand / ABM domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of protein of unknown function with ferredoxin-like fold (YP_167536.1) from SILICIBACTER POMEROYI DSS-3 at 1.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein with ferredoxin-like fold
B: uncharacterized protein with ferredoxin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,12318
ポリマ－24,8132
非ポリマー31016
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area9420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.760, 78.760, 69.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細AUTHORS STATE THAT CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein with ferredoxin-like fold


分子量: 12406.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
遺伝子: SPO2313, YP_167536.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LR19
#2: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2000M NH4I, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 6.2, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.94645,0.97967
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月11日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.946451
20.979671
反射解像度: 1.3→26.118 Å / Num. obs: 60325 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 10.966 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.22
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.3-1.350.4352.6402361229996.6
1.35-1.40.3513.5405601080598.1
1.4-1.460.2854.4420861115598.3
1.46-1.540.2135.8461601221698.6
1.54-1.640.1458.4465211223898.8
1.64-1.760.10611.2428601124599.1
1.76-1.940.07315.6460451203699.1
1.94-2.220.05321.5454971186399.4
2.22-2.80.06128.3714211193599.7
2.8-26.1180.04539.7923231195499.7

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→26.118 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 1.128 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.039
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) HAS BEEN MODELED IN THE PUTATIVE ACTIVE SITE OF EACH MONOMER. IODIDE ION FROM NH4I USED IN CRYSTALLIZATION CONDITION MAY ACCOUNT FOR THE ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY SORROUNDING ONE OR MORE ATOMS OF UNL. 4. EDO MOLECULES FROM THE CRYO SOLUTION ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15 3041 5 %RANDOM
Rwork0.13 ---
obs0.131 60282 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.86 Å2 / Biso mean: 14.97 Å2 / Biso min: 6.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.118 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1536 0 31 289 1856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221928
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.982670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6933406
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES, PERUNL 1 (DEGREES)5.2855273
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES, PERUNL 2 (DEGREES)34.88624.643112
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES, PERUNL 3 (DEGREES)13.46215379
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES, PERUNL 4 (DEGREES)17.181517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1650.21391
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.2888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0890.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2530.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.61121105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7932427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.37641819
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5516904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7248802
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.31633681
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.1983313
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.08733226
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 215 -
Rwork0.172 4202 -
all-4417 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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